dbCoRC數(shù)據(jù)庫怎么用

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在人和小鼠中，已經(jīng)識(shí)別到的轉(zhuǎn)錄因子有幾百種之多。眾所眾知，轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控作用是具有細(xì)胞或者組織特異性的，在某種特定的組織或細(xì)胞中，發(fā)揮調(diào)控功能的只是一小部分轉(zhuǎn)錄因子。

科學(xué)家通過研究發(fā)現(xiàn)，即使是在特定的細(xì)胞或組織中，發(fā)揮作用的轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的地位也是不同的。其中有一部分轉(zhuǎn)錄因子被稱之為核心轉(zhuǎn)錄因子，這部分轉(zhuǎn)錄因子不僅僅可以調(diào)節(jié)自身的靶基因，而且可以相互調(diào)節(jié)，從而構(gòu)成一條交叉調(diào)節(jié)的回路，最典型的就是胚胎干細(xì)胞中，NANOG,SOX2,POU5F1/OCT4 這幾種轉(zhuǎn)錄因子構(gòu)成的調(diào)控回路。

將某種細(xì)胞或者組織中的核心轉(zhuǎn)錄因子及其調(diào)控回路稱之為core transcription regulatory circuitry, 簡稱CRC。超級(jí)增強(qiáng)子SE區(qū)域內(nèi)包含許多轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，有科學(xué)家發(fā)明了CRC Mapper這種算法，通過超級(jí)增強(qiáng)子關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄因子來識(shí)別細(xì)胞或組織中的CRC。

dbCoRC是一個(gè)核心啟動(dòng)因子數(shù)據(jù)庫，通過超級(jí)增強(qiáng)子關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄因子來鑒定不同組織或者細(xì)胞中的CRC。以H3K27ac作為增強(qiáng)子的mark, 從GEO數(shù)據(jù)庫中下載chip_seq原始數(shù)據(jù)，首先通過MACS軟件識(shí)別增強(qiáng)子區(qū)，然后通過ROSE軟件識(shí)別超級(jí)增強(qiáng)子。

識(shí)別到超級(jí)增強(qiáng)子之后，首先利用TRANSFAC/MEME數(shù)據(jù)庫下載轉(zhuǎn)錄因子motif信息，通過FIMO軟件進(jìn)行motif scan分析，在超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域內(nèi)尋找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)結(jié)合位點(diǎn)。利用這種策略尋找超級(jí)增強(qiáng)子想關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄因子，在此基礎(chǔ)上識(shí)別CRC, 完整的pipieline如下圖所示

對(duì)應(yīng)的文章發(fā)表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下

https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D71/4103600

數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://dbcorc.cam-su.org/

通過Browser菜單，可以瀏覽每個(gè)樣本中的CRC信息，示意如下

點(diǎn)擊樣本名稱，可以查看詳細(xì)信息，首先是給樣本中的核心轉(zhuǎn)錄因子構(gòu)成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，示意如下

其次是核心轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域，示意如下

點(diǎn)擊轉(zhuǎn)錄因子的ID, 可以查看該轉(zhuǎn)因子在其他轉(zhuǎn)錄因子SE區(qū)域的結(jié)合位點(diǎn)，示意如下

同時(shí)還提供了該轉(zhuǎn)錄因子在TCGA等不同數(shù)據(jù)庫中的表達(dá)量信息，示意如下

dbCoRC側(cè)重于分析超級(jí)增強(qiáng)子區(qū)域關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄因子間的調(diào)控關(guān)系，如果只是單純的分析超級(jí)增強(qiáng)子，更加推薦SEdb數(shù)據(jù)庫。

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