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這篇文章給大家分享的是有關(guān)MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用的內(nèi)容。小編覺(jué)得挺實(shí)用的,因此分享給大家做個(gè)參考,一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧。
在MethHC
數(shù)據(jù)庫(kù)中,提供了18種癌癥相關(guān)的DNA甲基化,microRNA表達(dá)譜和基因表達(dá)譜的數(shù)據(jù),這里的數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA
數(shù)據(jù)庫(kù)。同時(shí)采用線性回歸的方法計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)。
整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包含的數(shù)據(jù)匯總?cè)缦拢?/p>
相比其他的甲基化數(shù)據(jù)庫(kù),Meth
有以下兩個(gè)特點(diǎn):
數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA,同時(shí)包含了甲基化和基因表達(dá)譜以及microRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù);
將基因劃分為8個(gè)區(qū)域,甲基化位點(diǎn)劃分為5個(gè)區(qū)域,針對(duì)單個(gè)區(qū)域計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性
基因和甲基化區(qū)域的劃分方式如下所示:
在Browse Top 250
中,以單個(gè)基因?yàn)閱挝?,查看該基因在癌癥中的甲基化情況和表達(dá)量的情況
對(duì)于甲基化數(shù)據(jù),其表達(dá)量采用beta
值來(lái)衡量;對(duì)于基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),定量方式為RPKM
;對(duì)于microRNA的表達(dá)譜,采用RPM
定量方式;通過(guò)泊松相關(guān)系數(shù)計(jì)算甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性。
以SPDYE1
為例,給出所有基因區(qū)域和甲基化區(qū)域的結(jié)果
對(duì)于每個(gè)區(qū)域,會(huì)給出以下三個(gè)結(jié)果
MethHC
還提供了基因檢索Gene Search
的功能,可以按照兩種方式進(jìn)行篩選
通過(guò)MethHC
數(shù)據(jù)庫(kù),我們可以查看基因已有的甲基化和表達(dá)譜研究結(jié)果,也可以根據(jù)癌癥類(lèi)型,查看研究的較多的熱點(diǎn)基因。
感謝各位的閱讀!關(guān)于“MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用”這篇文章就分享到這里了,希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助,讓大家可以學(xué)到更多知識(shí),如果覺(jué)得文章不錯(cuò),可以把它分享出去讓更多的人看到吧!
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