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LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用

發(fā)布時間：2022-01-17 10:12:33 來源：億速云 閱讀：154 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章主要介紹LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

LeafcircBase收錄了以下5種植物模式生物的環(huán)狀RNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Glycine max

  3. Oryza sativa

  4. Triticum aestivum

  5. Zea mays


采用以下兩款軟件來預(yù)測環(huán)狀RNA

  1. find_circ

  2. circRNA_finder


通過官網(wǎng)的Browse菜單，可以瀏覽不同物種對應(yīng)的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)

LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用

以擬南芥為例，結(jié)果示意如下

LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用

點擊來源基因的名稱，可以跳轉(zhuǎn)到對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫。點擊右上角的Download按鈕，可以下載所有結(jié)果，點擊Datails可以查看環(huán)狀RNA的詳細信息，示意如下

LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用

可以看到對應(yīng)的軟件。如果在其他物種中存在同源，還會列出同源環(huán)狀RNA的信息，示意如下

LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用

通過該數(shù)據(jù)庫，不僅可以查看植物中環(huán)狀RNA的信息，還可以查看在不同物種間的同源性。

該數(shù)據(jù)庫中的結(jié)果是可以下載的，在下載的excel文件中，還可以看到每個環(huán)狀RNA對應(yīng)的樣本在SRA數(shù)據(jù)庫中的編號。

以上是“LeafcircBase數(shù)據(jù)庫怎么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！希望分享的內(nèi)容對大家有幫助，更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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