circRNADisease數(shù)據(jù)庫怎么用

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circRNA在生命活動中發(fā)揮著調(diào)控作用,在腫瘤等疾病中更是扮演著重要角色。circRNADisease是一個手工整理的疾病相關(guān)的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫,網(wǎng)址如下

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

目前該數(shù)據(jù)庫中收錄了330個circRNA,48種疾病,354個circRNA和疾病之間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)。通過導(dǎo)航欄的Browser菜單，可以根據(jù)以下兩種類型查看相關(guān)數(shù)據(jù)

1. circRNAs

2. Diseases

   
   

以肺癌為例，結(jié)果如下所示

該數(shù)據(jù)庫中的環(huán)狀RNA包括circBase id和circRNA name兩種,對于每個環(huán)狀RNA和疾病的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù),給出了檢測的方式，環(huán)狀RNA在患病者中的表達(dá)趨勢，相關(guān)文獻(xiàn)的pubmed id,點擊details可以查看詳細(xì)信息

1. circRNA  basic information

2. disease basic information

3. other information

通過該數(shù)據(jù)庫，可以方便得到已經(jīng)報導(dǎo)的環(huán)狀RNA與疾病的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)。值得一提的是，所謂的環(huán)狀RNA與疾病的關(guān)聯(lián)，其實就是檢測相比正常組織,患者組織中差異表達(dá)的環(huán)狀RNA,方法包括轉(zhuǎn)錄組測序，芯片，qPCR等手段,只是一種簡單的關(guān)聯(lián),并沒有深入挖掘circRNA在疾病中的具體作用。

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