exoRBase數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用

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exosome翻譯為外泌體,是由細(xì)胞分泌的一種直徑在30-150nm之間的囊泡，屬于細(xì)胞外囊泡的一種，含有不同種類的RNA,可以調(diào)節(jié)受體細(xì)胞的行為，并且可以作為疾病的循環(huán)生物標(biāo)記物，在血液，唾液，尿液等多種體液中都廣泛存在。

exoRBase是一個(gè)人類血液外泌體中RNA的數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://www.exorbase.org/

從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中收集血液外泌體的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，共收集了來(lái)自6個(gè)實(shí)驗(yàn)共87個(gè)樣本的數(shù)據(jù)，每組實(shí)驗(yàn)的樣本類型都不同，

1. normal persons(NP)

2. coronary heart disease(CHD)

3. colorectal cancer(CRC)

4. hepatocellular carcinoma(HCC)

5. pancreatic adenocarcinoma(PAAD)

6. breast cancer(BC)

   
   

另外，又補(bǔ)充了5個(gè)人類全血樣本，不同類型樣本的數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

對(duì)于這92個(gè)樣本的數(shù)據(jù)，采用如下所示的pipeline分析其中的RNA

對(duì)于測(cè)序的原始數(shù)據(jù)，首先采用trimmomatic軟件去除adapter和低質(zhì)量序列，然后用hisat2將clean reads比對(duì)hg38基因組，采用featurecounts軟件對(duì)mRNA和lncRNA進(jìn)行定量，采用TPM來(lái)歸一化表達(dá)量。

對(duì)于circRNA,采用ACFs和find_circ兩款軟件同時(shí)預(yù)測(cè)，取兩個(gè)結(jié)果的交集作為最終結(jié)果，定量時(shí)采用RPM來(lái)歸一化表達(dá)量。

在以上分析結(jié)果的基礎(chǔ)上，又通過(guò)在pubmed數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索外泌體RNA相關(guān)文獻(xiàn)，新增了部分RNA數(shù)據(jù)，所有來(lái)源的RNA數(shù)量匯總?cè)缦?/p>

對(duì)于mRNA和lncRNA, 結(jié)合GTEx項(xiàng)目中的不同組織的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，計(jì)算了其組織特異性。

通過(guò)導(dǎo)航欄的Browse菜單，可以查看外泌體中的各種RNA信息，示意如下

通過(guò)導(dǎo)航欄的Search菜單，可以方便的檢索該數(shù)據(jù)庫(kù)，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)針對(duì)外泌體中的RNA進(jìn)行研究，其構(gòu)建的思路值得借鑒。

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