CIRCpedia數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用

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CIRCpedia是一個(gè)綜合性的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫(kù)，采用CIRCexplorer軟件分析了來(lái)自6個(gè)物種約180多個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識(shí)別到了262782個(gè)環(huán)狀RNA,網(wǎng)址如下

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

各個(gè)物種環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)量匯總?cè)缦?/p>

表格數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的環(huán)形圖示意如下

可以看到，絕大部分還是人和小鼠的環(huán)狀RNA,對(duì)于這兩個(gè)物種的環(huán)狀RNA,提供了保守性分析的結(jié)果。通過(guò)官網(wǎng)的4大功能，我們可以方便的探究不同物種的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)，分析在不同組織和樣本中的表達(dá)量信息。

1. Search

可以通過(guò)物種，細(xì)胞系，基因名稱(chēng)或者基因組位置，circpedia中的環(huán)狀RNA ID進(jìn)行檢索，檢索框示意如下

檢索結(jié)果示意如下

給出了環(huán)狀RNA ID,來(lái)源基因，對(duì)應(yīng)的線(xiàn)性轉(zhuǎn)錄本，表達(dá)量，外顯子的起始和終止位置，細(xì)胞系，保守性等信息。

2. Browse

通過(guò)JBowse基因組瀏覽器查看相關(guān)數(shù)據(jù)，示意如下

3. Download

可以方便的下載數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息，示意如下

4. Tool

可以用熱圖或者散點(diǎn)圖的形式展現(xiàn)環(huán)狀RNA在不同組織或者細(xì)胞系中的表達(dá)量，示意如下

第一步輸入環(huán)狀RNA ID, 第二步選擇物種，第三步選擇細(xì)胞系，可以多選，第四步選擇圖表類(lèi)型，然后點(diǎn)擊Draw按鈕，在右邊的面板會(huì)顯示對(duì)應(yīng)的結(jié)果。

通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)的在線(xiàn)工具，可以方便的探究不同物種的環(huán)狀RNA和不同細(xì)胞系中環(huán)狀RNA的表達(dá)量。

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