circos染色體技巧有哪些

本篇內(nèi)容主要講解“circos染色體技巧有哪些”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“circos染色體技巧有哪些”吧!

通過指定一個染色體文件，就可以在circos中創(chuàng)建一個基本的圈圖了。除了這種基本用法之外，還有很多的技巧。本章介紹染色體相關(guān)的進階技巧，涉及到以下幾個參數(shù)

1. chromosomes_display_default

2. chromosomes

3. chromosomes_reverse

4. chromosomes_order

5. chromosomes_breaks

6. chromosomes_colors

7. chromosomes_radius

   
   

chromosomes_display_default用于控制顯示的染色體的個數(shù)，默認情況下，這個參數(shù)的值為yes, 會展示染色體文件中所有的染色體。當(dāng)我們想要對染色體進行過濾時，比如只展示其中的一部分染色體，就需要將這個參數(shù)和chromosomes這個參數(shù)結(jié)合使用。示例如下：

chromosomes_display_default = no
chromosomes = hs1;hs2;hs3;hs4;hs5

chromosomes參數(shù)指定需要顯示的染色體的name, 多條染色體之間用分號分隔, 上面的示例中，在圈圖上只會顯示1-5共5條染色體。

chromosomes_reverse參數(shù)將指定染色體倒置，默認情況下，所有染色體會沿著同一個方向（順時針或者逆時針，這個取決于angle_orientation參數(shù)的值）排列，當(dāng)想要將指定的染色體反向時，可以使用這個參數(shù)，示例如下

chromosomes_reverse = hs2;hs3

看下面的示意圖，圖中所有染色體沿著逆時針方向排列，從chr1到chr5, 對應(yīng)的刻度也是沿逆時針方向從小到大，設(shè)置了chromosomes_reverse參數(shù)之后，2號和3號染色體的進行了倒置，變成了相反方向，對應(yīng)的刻度在逆時針方向上，變成了由大到小。

chromosomes_order 指定染色體排列的順序，有兩種使用方式：

1. 絕對定位法

示例如下

chromosomes  = hs1;hs2;hs3;hs4;hs5
chromosomes_order = hs2,hs3,hs1,hs5,hs4

在絕對定位法中，需要將所有的染色體都指定出來，chromosomes_order中染色體的順序就是圖中染色體的順序。

2. 相對定位法

示例如下

chromosomes_order = hs3,hs5,hs4

在相對定位法中，只需要指定部分染色體的順序就可以了，示例用法中，將3-5號染色體的順序指定為hs3,hs5,hs4, 只調(diào)整了這三條染色體的順序，1號染色體和2號染色體的順序不變，所以最終的順序為hs1, hs2, hs3, hs5, hs4。

chromosomes_breaks字面意思是將染色體打斷，其值是一個區(qū)域，這部分染色體區(qū)域在圖中不會顯示，而且會用|符號代表隔斷，示意圖如下：

上圖中對應(yīng)的break部分的寫法如下：

chromosomes_display_default = no
chromosomes = hs1:0-100;hs2:0-100;hs3:0-100;hs4:0-100;hs5;hs6;hs7;hs8
chromosomes_breaks = -hs1:25-75;-hs2:25-75;-hs3:25-75;-hs4:25-75;-hs5:75-);-hs6:0-10,75-);-hs7:75-);-hs8:75-)

chromosomes中，hs1:0-100表示只畫1號染色體上0-100這段區(qū)域；chromosomes_breaks中，-hs1:25-75表示1號染色體上25-75這段區(qū)域作為一個breaks不顯示，-hs8:75-)表示8號染色體上75之后的整段區(qū)域作為一個break。

這里負號表示不想要顯示的區(qū)域，假設(shè)有1到5號染色體，如果只想要顯示1到3號染色體，有以下兩種寫法：

chromosomes_display_default = yes
chromosomes = -hs4;-hs5;

chromosomes_display_default = no
chromosomes  = hs1;hs2;hs3

chromosomes_colors代表染色體的顏色，默認情況下染色體文件中最后一列代表每條染色體的顏色，當(dāng)想要改變文件中指定的顏色時，就可以使用這個參數(shù)，示例如下

chromosomes_color  = hs1:red;hs2:green

為指定的染色體設(shè)定顏色，染色體和顏色之間用冒號分隔，多條染色體之間用分號分隔。除了指定染色體name, 還可以使用正則表達式的寫法，示例如下

chromosomes_color  = /hs/:red;/mm/:green

/hs/表示染色體名字中包含hs字符的所有染色體，上述寫法將名字包含hs的所有染色體指定為紅色，包含mm的所有染色體指定為綠色。
chromosomes_radius指定染色體的半徑, 示例如下

chromosomes_radius  = hs1:0.40r;hs2:0.43r

為每條染色體指定的radius，可以形成如下的效果：

這個參數(shù)在我們想要突出某幾條染色體時特別有用，比如下圖

將4號染色體對應(yīng)的radius調(diào)整的比其他染色體小一點，就造成了一個凹進去的效果。這部分凹進去的區(qū)域相比其他區(qū)域，就比較突出了。做法也很簡單，只需要調(diào)整chromosomes_radius參數(shù)的值，后續(xù)的plots中的設(shè)置所有染色體都相同，因為plots中的r0和r1是相對每條染色體的radius而言的。其實為了突出某條染色體，可以將其radius設(shè)置的更大一點，制造一個凸出來的效果，會更加的博人眼球。

最后介紹一種特別的寫法，示例如下

chromosomes_display_default = no
chromosomes = hs1[a]:1-50;hs1[b]:150-)
chromosomes_radius = a:0.9r;b:0.8

hs1[a]:1-50和hsa[b]:150-)將1號染色體分成了兩個部分，1-50區(qū)域用字母a表示，150之后的區(qū)域用字母b表示，這樣的后續(xù)設(shè)置染色體相關(guān)參數(shù)時，就可以了采用a和b來表征對應(yīng)的區(qū)域了；a和b相當(dāng)于為染色體上的部分區(qū)域設(shè)置了name，方便了參數(shù)的賦值。

到此，相信大家對“circos染色體技巧有哪些”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！