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circos中connector有什么用

發(fā)布時(shí)間：2021-12-18 16:01:01 來(lái)源：億速云 閱讀：140 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)circos中connector有什么用，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

connector 用于展示基因組上兩個(gè)位置之間的關(guān)系，通過(guò)一套折線將兩個(gè)位置連接起來(lái)，示例如下

circos中connector有什么用
靠近染色體的折線區(qū)域就是connector了。可以看到，connector也是通過(guò)一個(gè)圓環(huán)區(qū)域進(jìn)行展示，連線的起始位置位于圓環(huán)的內(nèi)徑上，終止位置位于圓環(huán)的外徑上。

配置文件的寫(xiě)法如下

circos中connector有什么用

首先看下file中定義的數(shù)據(jù)內(nèi)容

circos中connector有什么用

在file中，，每一行定義了一條連線，第一列是染色體名稱(chēng)，第二列和第三列分別代表連線的起始位置和終止位置，起始點(diǎn)位于r0上，終止點(diǎn)位于r1上，示意圖如下

circos中connector有什么用
connector的屬性比較少，r0和r1定義圓環(huán)的內(nèi)徑和外徑， 決定connector在圖上的位置; thickness定義連線的粗細(xì)，color定義連線的顏色。

連線的形狀由connetor_dim屬性控制，這個(gè)數(shù)值的值是由5個(gè)數(shù)值構(gòu)成的list, 用法如下

connector_dims = 0.05,0.15,0.6,0.1,0.1

這5個(gè)數(shù)值將r0和r1之間的距離劃分成5個(gè)區(qū)域，數(shù)值代表的是每個(gè)區(qū)域的比例，所以5個(gè)數(shù)值的和一定為1，示意圖如下：··

circos中connector有什么用

connector的用法相對(duì)簡(jiǎn)單，在實(shí)際使用中的頻率并不高。

關(guān)于“circos中connector有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，使各位可以學(xué)到更多知識(shí)，如果覺(jué)得文章不錯(cuò)，請(qǐng)把它分享出去讓更多的人看到。

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