如何繪制circos圖

本篇內(nèi)容介紹了“如何繪制circos圖”的有關(guān)知識，在實(shí)際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

繪制需要兩項(xiàng)基本內(nèi)容，其一是染色體信息文件（核型文件），主要目的是在圖片上顯示出染色體，并進(jìn)行顏色等相關(guān)設(shè)置；其二是標(biāo)簽文字文件（文本text文件），主要目的是在染色體上具體的位置將基因作為label顯示。

核型文件（chr.info）
格式如下所示：

chr     -       1       Chr1    0       30427671        chr1
chr     -       2       Chr2    0       19698289        chr2
chr     -       3       Chr3    0       23459830        chr3
chr     -       4       Chr4    0       18585056        chr4
chr     -       5       Chr5    0       26975502        chr5

文件以TAB分隔，前兩列可以不變，而需要注意第三列到最后一列的信息，第三列為染色體實(shí)際編號，第四列是圖片上進(jìn)行顯示的編號，第五列表示染色體長度的起始，第六列對應(yīng)染色體的終止，也就是最終長度，最后一列實(shí)際上控制的是染色體的顏色，chr1至chr5都對應(yīng)不同的顏色。

text文件（text.txt）
文件格式如下（全部內(nèi)容共24行，此處僅顯示部分）：

5       25982254        25986435        AT5G65050
4       17835217        17838969        AT4G37940
4       12023824        12028004        AT4G22950
3       22618259        22620529        AT3G61120
1       25982294        25986349        AT1G69120

文件依然以TAB分隔，第一列表示標(biāo)簽文字（基因）出現(xiàn)的染色體實(shí)際編號，第二列第三列表示基因位于該染色體上的起止坐標(biāo)位置，第四列是該基因的ID即在染色體上顯示的文字。
繪圖配置

進(jìn)行circos繪圖，需要依據(jù)最終目標(biāo)整理配置文件，也就是對圖片進(jìn)行各種細(xì)節(jié)設(shè)置，以目標(biāo)圖片為例，配置文件（config.txt）如下：

chromosomes_units=100000 #chromosomes_reverse=/[12345]/ <ideogram>
    fill=yes      label_font=default     label_parallel=yes     label_radius=1.1r      label_size=45          radius=0.5r           show_label=yes            <spacing>
        default=0.005r
    </spacing>
    stroke_color=dgrey      stroke_thickness=2p     thickness=0.03r    </ideogram>
karyotype=/share/circos/result/chr.info  <plots>
    <plot>
        type=text          color=red   
        file=/share/circos/result/text.txt          label_font=condensed          label_size=30           label_snuggle=yes 參考：https://www.億速云.com/article/678        show_links=yes           link_color=black         link_dims=0p,20p,50p,2p,2p         link_thickness=2p          r0=1r               r1=1r+200p
        rpadding=5p     </plot>
</plots>

show_tick_labels=yes  show_ticks=yes    <ticks>
    color=black      multiplier=1e-6     radius=1r        thickness=2p         <tick>
        size=10p         spacing=5u     </tick>
       <tick>
        color=black         format=%d         label_offset=10p         label_size=25p           show_label=yes          size=15p
        spacing=10u          thickness=4p
    </tick>
</ticks>

<colors>
<<include etc/colors.conf>>
<<include etc/brewer.conf>>
</colors>

<fonts>
<<include etc/fonts.conf>>
</fonts>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
<<include etc/housekeeping.conf>>

命令行繪圖

在安裝軟件之后，運(yùn)行繪圖命令，即可獲得基礎(chǔ)圖片：

/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos -conf config.txt --outputdir ./ -outputfile test

“如何繪制circos圖”的內(nèi)容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識可以關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編將為大家輸出更多高質(zhì)量的實(shí)用文章！