circos ticks怎么使用

這篇文章主要介紹“circos ticks怎么使用”，在日常操作中，相信很多人在circos ticks怎么使用問(wèn)題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡(jiǎn)單好用的操作方法，希望對(duì)大家解答”circos ticks怎么使用”的疑惑有所幫助！接下來(lái)，請(qǐng)跟著小編一起來(lái)學(xué)習(xí)吧！

在circos中，通過(guò)ticks block來(lái)添加刻度線(xiàn)?？潭染€(xiàn)和我們的比例尺是一樣的，需要有一個(gè)最小單位。

通過(guò)chromosomes_units定義最小單位，用法如下

chromosomes_units  = 1000000

之后的刻度線(xiàn)都基于該最小單位進(jìn)行定義。對(duì)于刻度線(xiàn)，有兩個(gè)全局參數(shù)控制其顯示方式

1. show_ticks
   show_ticks = yes 表示顯示刻度線(xiàn)

2. show_tick_labels
   show_tick_labels = yes 表示顯示刻度線(xiàn)上的標(biāo)簽

對(duì)于刻度線(xiàn)而言，可以由多個(gè)不同標(biāo)準(zhǔn)的刻度組成，和厘米，毫米的概念差不多，可以每5M標(biāo)記一個(gè)刻度線(xiàn)，也可以每10M標(biāo)記一個(gè)刻度線(xiàn)。對(duì)于每一種規(guī)格的刻度線(xiàn)，通過(guò)tick 這個(gè)block 定義。看下面這個(gè)例子

首先是兩個(gè)全局參數(shù)，表明顯示刻度線(xiàn)。接下來(lái)就是ticks模塊。上圖中的ticks 由兩個(gè)tick構(gòu)成。

關(guān)于刻度線(xiàn)的相關(guān)參數(shù)，可以分成一下兩大類(lèi)別

刻度線(xiàn)的顯示

1. radius
   radius 表示刻度線(xiàn)顯示的位置，用法radius = 0.8r;

2. spacing
   spacing 指定刻度線(xiàn)之間的間隔，比如 spacing = 5u, 表示每5個(gè)單位標(biāo)記一個(gè)刻度線(xiàn)

3. color
   刻度線(xiàn)的顏色, 用法color = grey

4. thickness
   刻度線(xiàn)的粗細(xì), 用法thickness = 2p

5. size
   刻度線(xiàn)的長(zhǎng)度，用法size = 5p

刻度線(xiàn)的標(biāo)簽的顯示

1. show_label
   show_label = yes 表示顯示標(biāo)簽

2. lable_size
   控制label文字的大小, 用法 label_size = 5p

3. label_offset
   控制label的偏移量，設(shè)置label和刻度線(xiàn)之間的間隔，用法label_offset = 10p

4. skip_first_label
   不顯示第一個(gè)label

5. skip_last_label
   不顯示最后一個(gè)label

6. multiplier
   multiplier定義了label和實(shí)際刻度之間的比例，公式為tick_label = tick_value * multiplier, 實(shí)際標(biāo)記的label需要在原來(lái)的基礎(chǔ)上乘以multiplier 。multiplier = 1 / 1u, 表示1：1的比例，實(shí)際5u的地方就標(biāo)記5；
   multiplier = 10 / 1u, 表示10：1的比例，實(shí)際5u的地方就標(biāo)記50。

7. mod
   mod 用于格式化標(biāo)簽的顯示方式，使標(biāo)簽更加的美觀。mod 代表取余數(shù)的意義
   在spacing = 0.1u 的情況下，在10M-11M 之間會(huì)有10.1, 10.2 這樣的刻度，當(dāng)添加了mod = 1u時(shí)，10.1 除以1，余數(shù)為0.1， 所以10.1 對(duì)應(yīng)的 label 變成了0.1；

8. suffix
   給label添加后綴，比如 suffix = Mb,這樣每個(gè)label 最后都會(huì)再加上Mb

9. prefix
   給label 添加前置，比如prefix = +, 這樣每個(gè)label 前面都會(huì)在加上+

10. format
    格式化label的顯示，用法和perl 語(yǔ)言中的 是sprintf函數(shù)的用法相同

到此，關(guān)于“circos ticks怎么使用”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！