circos中histograms有什么用

這篇文章主要介紹了circos中histograms有什么用，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

histograms可以看做是line plot的一個(gè)變種，首先來(lái)看一個(gè)示例

圖中最內(nèi)圈的就是historgams了，可以看到由許多個(gè)柱子組成，每個(gè)柱子都是file中定義的一個(gè)區(qū)域，柱子的高度由這個(gè)區(qū)域的value決定。所有的柱子共有兩個(gè)方向，一部分朝內(nèi)，另外一部分朝外。

這個(gè)圖片對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)如下：

可以看到value的值有正有負(fù)，當(dāng)同時(shí)包括了正負(fù)數(shù)時(shí)，所有正數(shù)的柱子是一個(gè)方向，負(fù)數(shù)的柱子是另外一個(gè)方向。以上這些都是默認(rèn)行為。

下面看一個(gè)最基本的配置文件的例子

r0, r1, max和min這些屬性在之前的文章中已經(jīng)詳細(xì)解釋過(guò)，今天主要看下histogram獨(dú)有的幾個(gè)參數(shù)

1. extend_bin

每個(gè)bin的區(qū)間是在file文件中事先定義好的， extend_bin控制是否把相鄰的bin連接起來(lái), 比如對(duì)于下面這個(gè)數(shù)據(jù)

可以看到這3個(gè)區(qū)間是有一定間隔的，默認(rèn)情況下，在圖上對(duì)應(yīng)的bin肯定是不連續(xù)的；當(dāng)設(shè)置了extend_bin = yes之后，會(huì)將這3個(gè)bin連在一起。

具體的做法就是延伸file中定義好的區(qū)間，比如前2個(gè)bin之間有間隔，取這個(gè)間隔的中間點(diǎn)的位置，作為第一個(gè)bin的終止位置，第2個(gè)bin的起始位置，這樣兩個(gè)bin就連接起來(lái)了。

看一個(gè)案例

圖中的兩個(gè)histogram基于相同的數(shù)據(jù)，當(dāng)extend_bin = no時(shí)，按照file中定義的區(qū)間來(lái)畫(huà)，可以看到區(qū)間并不是連續(xù)的；當(dāng)extend_bin = yes時(shí)，所有的bin都變成連續(xù)的了。

改變了file文件中定義的區(qū)間，通常情況下， 不太推薦使用extend_bin = yes。

2. 顏色相關(guān)的屬性

histogram中，和顏色相關(guān)的共有以下4個(gè)屬性

1. color
   線條的顏色

2. fill_color
   bin的填充色

3. background_color
   bin的背景色

4. fill_under
   當(dāng)fill_under = yes 時(shí)，background_color作為bin的填充色，fill_color作為線條的顏色，會(huì)覆蓋color定義的值

另外一個(gè)需要掌握的就是定義多種顏色的技巧，以最常用的fille_color為例，主要有兩種方式：

1. 設(shè)置多個(gè)條件

根據(jù)某個(gè)閾值將value劃分成不同的部分，每個(gè)部分通過(guò)rule定義不同的填充色

2. 設(shè)置一個(gè)條件

condition = 1表示這個(gè)rule一直發(fā)揮作用，類似編程中的while(1), 永遠(yuǎn)為真。這里的fill_color的值通過(guò)一個(gè)表達(dá)式來(lái)定義。

remap_int函數(shù)根據(jù)value在區(qū)間[-1, 1]的位置, 映射到[1,9]區(qū)間中，生成一個(gè)1到0之間的整數(shù)，然后通過(guò)sprintf函數(shù)定義顏色為spectral-9-div調(diào)色板中的一個(gè)顏色。

spectral-9-div這個(gè)調(diào)色板是在/etc/brewer.all.conf文件中定義的

在該文件中，還定義了其他顏色的調(diào)色板，中間的數(shù)字代表了調(diào)色板中的顏色總數(shù)，可以根據(jù)需要選擇合適的調(diào)色板。

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