Circos軟件如何安裝

這篇文章主要介紹了Circos軟件如何安裝，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

circos 是一款perl 語(yǔ)言開(kāi)發(fā)的畫(huà)圖軟件，提供了染色體相關(guān)數(shù)據(jù)的一種可視化方式。其制作的圖表精美，被科研工作者廣泛使用。

官網(wǎng)如下：

http://circos.ca/

首先看下安裝過(guò)程，官網(wǎng)上提供了3種壓縮包

1. 軟件源代碼壓縮包

2. 使用手冊(cè)的壓縮包

3. 相關(guān)工具的壓縮包

軟件源代碼是我們安裝過(guò)程中需要用到的，使用手冊(cè)是官網(wǎng)提供的為了幫助我們學(xué)習(xí)使用circos而開(kāi)發(fā)的包，相關(guān)工具是一些circos的腳手架，也可以稱(chēng)為擴(kuò)展工具。

在下圖中，circos-0.69.6.tgz就是源代碼的安裝包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手冊(cè)的安裝包, circos-tools-0.22.tgz就是相關(guān)工具的壓縮包。

http://circos.ca/software/download/

安裝時(shí),我們只需要使用源代碼的安裝包就可以了。由于是使用perl 語(yǔ)言開(kāi)發(fā)的，所以不需要編譯。只需要下載解壓縮即可，具體過(guò)程如下：

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69

解壓縮之后就可以了。安裝好之后，可以用自帶的例子測(cè)試一下

cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf

運(yùn)行成功之后，會(huì)在當(dāng)前目錄生成circos.png和circos.svg兩張圖片

如果上述圖片正常生成了，說(shuō)明circos安裝成功，可以使用了。

如果沒(méi)有正常生成，說(shuō)明缺少一些模塊。下面命令可以查看依賴(lài)的perl 模塊是否都安裝成功了，缺少哪個(gè)模塊，安裝哪個(gè)模塊就可以了。

circos -modules
ok       1.38 Carp
ok       0.39 Clone
ok       2.63 Config::General
ok        3.3 Cwd

circos的命令非常簡(jiǎn)單，只需要提供一個(gè)配置文件circos.conf就行了，程序會(huì)根據(jù)配置文件，自動(dòng)讀取數(shù)據(jù)和相關(guān)配置，然后生成圖片。學(xué)習(xí)circos的過(guò)程，實(shí)際上就是理解conf配置文件中，每項(xiàng)配置的含義和作用。

用于測(cè)試的這個(gè)配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的強(qiáng)大，但是并不適用于circos的學(xué)習(xí)。在官網(wǎng)還很貼心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，這個(gè)包中提供了大量的配置文件的示例，由淺入深將circos的所有功能進(jìn)行展示，在學(xué)習(xí)的過(guò)程中，直接看這個(gè)包里的內(nèi)容就可以了。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Circos軟件如何安裝”這篇文章對(duì)大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識(shí)等著你來(lái)學(xué)習(xí)!