KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)pathway注釋信息下載的示例分析

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KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)-pathway注釋信息下載

前面我們介紹KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)下載中前兩部分：

1. KEGG 中蛋白序列的下載

2. 蛋白對(duì)應(yīng)的pathway 相關(guān)注釋

有了這兩部分，我們就可以對(duì)不同物種的氨基酸序列進(jìn)行注釋分析。如果要對(duì)蛋白在pathway上進(jìn)行可視化標(biāo)注，那就需要下載pathway想的注釋文件。主要有3類(lèi)：

1. KGML 文件：

這個(gè)文件是對(duì)pathway 進(jìn)行定義的文件，修改該文件就可以對(duì)代謝通路進(jìn)行改變，比如通過(guò)顏色標(biāo)注一些基因的差異表達(dá)信息。訪問(wèn)API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml

其中ko05130 是KEGG中pathway的編號(hào)。

2.  conf文件

conf 文件是對(duì)代謝通路中不同蛋白進(jìn)行關(guān)聯(lián)的文件，比如同一個(gè)酶，在不同的物種中對(duì)應(yīng)不同的蛋白編號(hào)。

訪問(wèn)的API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/conf

其中ko05130 是KEGG中pathway的編號(hào)。

3. image 文件

這個(gè)文件就是我們看到的代謝通路圖片。訪問(wèn)的API地址：

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/image

其中ko05130 是KEGG中pathway的編號(hào)。

通過(guò)這3個(gè)文件，我們就可以對(duì)pathway 進(jìn)行一些可視化的定制了，比如關(guān)聯(lián)不同的基因信息，標(biāo)注基因的上下調(diào)信息等

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