如何分析KEGG Enzyme 數(shù)據(jù)庫(kù)

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)如何分析KEGG Enzyme 數(shù)據(jù)庫(kù)，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后對(duì)相關(guān)知識(shí)有一定的了解。

生物體內(nèi)的大多數(shù)反應(yīng)都需要酶的參與，酶在生命活動(dòng)中發(fā)揮了重要作用。IUBMB/UPAC 國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化命名委員會(huì)對(duì)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的酶都提供了標(biāo)準(zhǔn)化的的命名方式，叫做EC number。

KEGG ENZYME 整合了ExplorEnz 數(shù)據(jù)庫(kù)中酶的信息，處理基本的Ec number 和name 等屬性外，還提供了對(duì)應(yīng)的序列信息。

來(lái)看下每條記錄的信息

酶催化生物反應(yīng)的進(jìn)行，所以會(huì)與 pathway, raction，compound 數(shù)據(jù)庫(kù)產(chǎn)生聯(lián)系。在Enzyme 與其他數(shù)據(jù)庫(kù)的聯(lián)系中，我們需要重點(diǎn)理解與KO的對(duì)應(yīng)關(guān)系。

在1995 年，KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)剛開(kāi)始創(chuàng)建的時(shí)候，EC number 主要用來(lái)繪制代謝通路圖；直到1999 年，提出了Orthology ID的概念，用來(lái)取代EC number, 繪制通路圖；到2002年，Orthology ID 變成了KO, EC number 就作為KO的屬性出現(xiàn)了。那么EC number和 KO之間存在怎樣的對(duì)應(yīng)關(guān)系呢？

酶是基因的產(chǎn)物，而基因有對(duì)應(yīng)的KO注釋。通過(guò)基因，以基因?yàn)闃蛄?，可以更好的理解酶和KO之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系。

1. 雖然有實(shí)驗(yàn)證據(jù)表明這種酶的存在，但是缺乏對(duì)應(yīng)的基因信息，也就沒(méi)有對(duì)應(yīng)的KO 注釋， 比如1.1.1.46,  就沒(méi)有對(duì)應(yīng)的KO信息;

2. 這種酶在多個(gè)物種中都存在，也就有對(duì)應(yīng)的多個(gè)基因，這些基因分屬不同的KO(當(dāng)然這些KO的功能描述還是很接近的)， 此時(shí)會(huì)出現(xiàn)1個(gè)EC Number 對(duì)應(yīng)多個(gè)KO的情況， 比如1.1.1.376
   

3. 這種酶對(duì)應(yīng)的多個(gè)基因?qū)儆谕粋€(gè)KO, 比如 1.1.1.388
   

4. 多個(gè)酶對(duì)應(yīng)同一個(gè)KO, 多個(gè)酶對(duì)應(yīng)的基因被歸類到了同一個(gè)KO下，比如1.1.1.49 和 1.1.1.363。
   
   

Enzyme 數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)了酶的相關(guān)信息，每種酶用EC number 唯一標(biāo)識(shí)；

Ec number 與KO的對(duì)應(yīng)關(guān)系比較復(fù)雜，可以通過(guò)基因來(lái)理解它們之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系；

關(guān)于如何分析KEGG Enzyme 數(shù)據(jù)庫(kù)就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識(shí)。如果覺(jué)得文章不錯(cuò)，可以把它分享出去讓更多的人看到。