如何分析KEGG Brite數(shù)據(jù)庫

如何分析KEGG Brite數(shù)據(jù)庫，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

KEGG被稱為京都基因組百科全書，是一個綜合性的數(shù)據(jù)庫。對于如此龐大的數(shù)據(jù)庫，肯定需要對數(shù)據(jù)進行分門別類的整理。除了將各種數(shù)據(jù)拆分到不同的子數(shù)據(jù)庫中之外，KEGG還對所有的數(shù)據(jù)進行了更加細致的功能分類，這些功能分類的信息就存儲在brite 數(shù)據(jù)庫中。

birte 主要包含以下五大類別的分類信息：

1. genes and protein

2. compounds and  reactions

3. drugs

4. diseases

5. organisms and cells

在brite數(shù)據(jù)庫中，以文件的形式存儲分類信息。包含兩種格式的文件:

• table 格式，比如對藥物的分類

• htext 文件，比如kegg  orthology 的分類

  http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00000.keg

提供了兩種格式的文件用于下載，htext 對應的后綴為 keg， json 對應json。

json 格式是網(wǎng)絡數(shù)據(jù)傳說的新標準，主要用于程序解析；`keg 文件是純文本文件，可以用文本編輯器打開。

以所有ko的分類文件 ko00000.keg 文件為例：

分類層級按照字母順序排列，示例文件中A 為第一級分類，B, C, D 依次為第二級。

我們可以直觀的看到 K00844 屬于Glycolysis / Gluconeogenesis 這個分類，對應的更上一級的分類為Carbohydrate metabolism，再上一級為 Metabolism。

keg 文件格式還是非常容易理解的，但是使用起來不夠直觀，當我們想要查詢某個KO的具體分類時，如果和這個KO處于同一分類的節(jié)點太多時，需要往上翻閱很多行，才能找到對應的分類；有時一不小心就翻過了，就會搞錯。

當然可以通過程序格式化這個文件，比如將這個文件變成如下的格式：

這樣方便查看條目的詳細分類信息；

對于沒有編程基礎的人來說，kegg 提供了keggHier 程序，專門用于查看brite中的分類信息。軟件是用java 開發(fā)的，提供了圖形界面，簡單易用；

下載地址 :

http://www.kegg.jp/kegg/download/kegtools.html

使用方法

• 雙加批處理文件啟動
  

• 從菜單欄點擊File按鈕，選擇導入kegg網(wǎng)站上的數(shù)據(jù)
  

• 這里選擇第一個kegg  pathway map 的分類結構，進行查看
  
  向下的三角形表示展開的意思，這里有3個，說明pathway 共有3層分類，鼠標可以點擊任意一條記錄，可以展開詳細信息；

• 右上角的搜索框可以搜索，通過搜索框可以快速查找你感興趣的記錄
  

1. brite 是存儲分類信息的數(shù)據(jù)庫，提供了包含pathway, ko,  module, drug, disease，organism 等所有記錄的分類；

2. 分類信息通過文件進行距離，有keg 和table兩種格式；

3. 通過KEGGHier工具，可以方便的瀏覽 KEGG 分類系統(tǒng)；

看完上述內(nèi)容，你們掌握如何分析KEGG Brite數(shù)據(jù)庫的方法了嗎？如果還想學到更多技能或想了解更多相關內(nèi)容，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！