如何分析KEGG COMPOUND 數(shù)據(jù)庫

如何分析KEGG COMPOUND 數(shù)據(jù)庫，相信很多沒有經(jīng)驗(yàn)的人對(duì)此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個(gè)問題。

kegg compound 數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)了在生命活動(dòng)中發(fā)揮作用的各種小分子，生物大分子和其他類型的化學(xué)物質(zhì)，采用C number 進(jìn)行標(biāo)識(shí)，比如C00047,  代表L-賴氨酸。除了名稱等信息外，還存儲(chǔ)了該物質(zhì)的化學(xué)結(jié)構(gòu)和其他相關(guān)信息；

對(duì)于所有compound 的分類詳見 Brite 數(shù)據(jù)庫

包括有機(jī)酸, 脂類， 碳水化合物， 核酸，肽鏈，維生素和輔助因子，類固醇，激素和遞質(zhì)，抗生素共9大類別；

看下每條記錄的詳細(xì)信息，以甲酸C000為例

http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:C00058

上面的信息可以分成兩大類：

1.基本信息

2.與其他數(shù)據(jù)庫的鏈接

Reaction 數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)的是各種compound 之間的反應(yīng)，所以會(huì)有Reaction的鏈接，比如 R00134

Pathway 數(shù)據(jù)庫整合了ko, module, reaction, compound 等多個(gè)數(shù)據(jù)庫庫的信息，所以也會(huì)給出compound  參與的通路，在通路中，對(duì)應(yīng)的compound 會(huì)高亮顯示， 如下圖中紅色標(biāo)記的圓形。

Module 是ko的集合，但是ko只是基因集，真正參與生命活動(dòng)的是這些基因的產(chǎn)物，在產(chǎn)物發(fā)揮作用的時(shí)候，也需要compound 的參與，所有會(huì)給出compound 相關(guān)的module。

Enzyme 數(shù)據(jù)庫保存各種酶的相關(guān)信息，酶作為催化劑調(diào)控一些生物學(xué)過程的發(fā)生和進(jìn)行，在這個(gè)過程中肯定也會(huì)有compound 的參與；比如1.1.1.306 這種酶催化的反應(yīng)中， 供體提供甲酸才能進(jìn)行反應(yīng)，所以會(huì)給出compound 對(duì)應(yīng)的Enzyme 編號(hào)；

1. compound 數(shù)據(jù)庫存儲(chǔ)了參與生命活動(dòng)的各種分子的信息，數(shù)據(jù)庫中的記錄用C Number唯一標(biāo)識(shí)， 每條分子都有對(duì)應(yīng)的化學(xué)式，結(jié)構(gòu)式，分子量等基本信息；

2. compound 和reaction , module， pathway， enzeme 等多個(gè)數(shù)據(jù)庫都有聯(lián)系；

看完上述內(nèi)容，你們掌握如何分析KEGG COMPOUND 數(shù)據(jù)庫的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！