Oncomine數(shù)據(jù)庫是什么

本篇內(nèi)容介紹了“Oncomine數(shù)據(jù)庫是什么”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

Oncomine數(shù)據(jù)庫介紹

Oncomine是大型腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)庫，涵蓋65個(gè)基因芯片數(shù)據(jù)集、4700個(gè)芯片及4億8千萬個(gè)基因表達(dá)數(shù)據(jù)，可用于分析基因表達(dá)差異、尋找離群值、預(yù)測(cè)共表達(dá)基因等，并可根據(jù)腫瘤分期、分級(jí)、組織類型等臨床信息進(jìn)行分類，還可依據(jù)已知的基因—藥物分析尋找可能的分子標(biāo)記物與治療靶點(diǎn)。

Oncomine數(shù)據(jù)庫應(yīng)用方向

如果你獲得了一個(gè)腫瘤差異表達(dá)基因，想研究其是否可作為某種腫瘤的潛在標(biāo)志物和靶點(diǎn)，又怕做實(shí)驗(yàn)會(huì)得到陰性結(jié)果，浪費(fèi)時(shí)間和金錢，這時(shí)候你就應(yīng)該想到Oncomine數(shù)據(jù)庫了。

Oncomine也是腫瘤領(lǐng)域中一個(gè)經(jīng)典的樣本數(shù)據(jù)庫，能幫助我們篩選一些值得研究的靶分子，或預(yù)測(cè)表型。為什么說“也”呢？因?yàn)樗驮蹅冎坝懻撨^的TCGA一樣，都是腫瘤領(lǐng)域應(yīng)用較廣的數(shù)據(jù)庫。

不過Oncomine和TCGA相比的優(yōu)勢(shì)就是，它除了數(shù)據(jù)，還提供了一些簡(jiǎn)潔易操作的分析工具，如差異表達(dá)分析、共表達(dá)分析等，分析后可以直接出圖用在文章里。另外它還整合了TCGA和GEO的部分?jǐn)?shù)據(jù)。缺點(diǎn)是，免費(fèi)版的數(shù)據(jù)不能下載，收費(fèi)又天價(jià)。不過辦法還是有的，可以從網(wǎng)頁中通過寫腳本批量獲得。

TCGA的優(yōu)點(diǎn)就是維度較高，層次很豐富，缺點(diǎn)就是不提供分析工具，得另找或另學(xué)。這里就不說這么多了，大家可以根據(jù)自己的情況選用。今天我們單講Oncomine。

Oncomine的應(yīng)用場(chǎng)景

要說應(yīng)用，倒和TCGA差不多，主要兩方面。

一方面是在沒有前期工作基礎(chǔ)的時(shí)候，從數(shù)據(jù)庫中挖掘篩選出候選分子作為今后的研究方向。翻譯：用來博士開題，或者忽悠一個(gè)基金。

另一方面，是在自己做過高通量篩選拿到靶分子的情況下，利用數(shù)據(jù)庫來分析它們?cè)谀[瘤中的表達(dá)情況，跟臨床生存、預(yù)后的相關(guān)性，為自己的研究提供更多的論據(jù)；同時(shí)也是為將來的機(jī)制研究多做點(diǎn)評(píng)估，如果你的實(shí)驗(yàn)中有差異的分子在別人的實(shí)驗(yàn)中也有差異，相對(duì)來說風(fēng)險(xiǎn)就小一些。

從技術(shù)上說，Oncomine的主要功能有基因表達(dá)差異分析、基因表達(dá)與臨床相關(guān)性、多基因共表達(dá)分析等。

數(shù)據(jù)挖掘套路：

第一步，查看目標(biāo)基因在哪些腫瘤中存在高表達(dá)

第二步，證明目標(biāo)基因在某一腫瘤中是高表達(dá)的。
第三步，尋找共表達(dá)的基因。

第四步，確定目標(biāo)基因在細(xì)胞系中是否高表達(dá)

第五歩，基因表達(dá)與生存的相關(guān)性

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