R語言的lasso_cox.r lasso_cox怎么用

這篇文章主要講解了“R語言的lasso_cox.r  lasso_cox怎么用”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“R語言的lasso_cox.r  lasso_cox怎么用”吧！

lasso_cox.r  lasso_cox 模型優(yōu)化分析

使用說明：

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h 
usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v
                                              variate [variate ...] [-s seed]
                                              [-l lambda] [-P predict.time]
                                              [-o outdir] [-p prefix]

lasso cox regression analysis

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i data, --data data  input data file path[required]
  -t time, --time time  set suvival time column name [required]
  -e event, --event event
                        set event column name [required]
  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]
                        variate for cox analysis [required]
  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]
  -l lambda, --lambda lambda
                        set lambda cut off [default NULL]
  -P predict.time, --predict.time predict.time
                        Time point of the ROC curve to select cutoff [default
                        365 1095 1825]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default lasso_cox]

使用舉例：

Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \
  -v SYT12 CDH2 GPNMB TMIGD3 LINC01094 SLC22A20P IGHV4-61 IGHV2-5 SERPINA5 MS4A4A FAM83A IGLV3-9 STARD3    -o lasso

參數(shù)說明：

-i 輸入生存數(shù)據(jù)與基因表達文件 

感謝各位的閱讀，以上就是“R語言的lasso_cox.r  lasso_cox怎么用”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對R語言的lasso_cox.r  lasso_cox怎么用這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！