RNAcentral是什么數(shù)據(jù)庫

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RNAcentral是由EBI開發(fā)的一個非編碼RNA數(shù)據(jù)庫，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多個數(shù)據(jù)庫中的非編碼RNA信息，旨在為ncRNA的研究提供一個統(tǒng)一的參照，網(wǎng)址如下

https://rnacentral.org/

目前最新版本為v10, 整合了來自miRBase v22和LNCipedia 5.0版本的最新數(shù)據(jù)，同時新增了reads mapping和GO 注釋，示意如下

整合的所有數(shù)據(jù)庫列表見如下鏈接

https://rnacentral.org/expert-databases

示意圖如下

對于每一條非編碼RNA的序列，RNAcentral會給出1個唯一的編號Unique RNA Sequence identifier，前綴為URS ，后面是10個數(shù)字和字母的組合，比如URS0000000001, URS00000478B7， URS編號符合 /URS[0-9A-F]{10}/ 正則表達式。

RNAcentral 提供了3種檢索方式

1. Text Search

通過text search這種檢索方式，我們可以選擇下列幾種過濾方式，對數(shù)據(jù)進行篩選

篩選好之后，可以點擊右上角進行下載

2. Sequence search

通過sequence search檢索方式，我們可以對一條序列進行注釋

輸入一條fasta 序列，RANcentral 會使用 nhmmer 進行比對，將比對上的數(shù)據(jù)庫中的序列輸出，這樣我們就可以對序列進行注釋了，判斷它是哪種非編碼RNA。

3. Genome browser

該數(shù)據(jù)庫提供了FTP和API服務(wù)，用于抓取數(shù)據(jù)，F(xiàn)TP的地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/RNAcentral

通過該數(shù)據(jù)庫，我們可以方便的對各種ncRNA進行注釋。

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