miRWalk是什么數(shù)據(jù)庫

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miRWalk是一個綜合性的miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫，收錄了人，小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息，和mirDIP類似，也是一個整合型數(shù)據(jù)庫，整合了來自miRDB, TargetScan, miRTarBase等數(shù)據(jù)庫中的信息，網(wǎng)址如下

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

該數(shù)據(jù)庫中共包含以下5個物種的miRNA靶基因信息

1. human

2. mouse

3. rat

4. dog

5. cow

   
   

官網(wǎng)提供了兩種檢索功能

1. 一次檢索一個miRNA/gene

檢索框如下

對于miRNA, 支持mirBase數(shù)據(jù)庫中的ID和編號，也支持miRNA family的名字。

對于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多種格式，也支持輸入對應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本ID, 比如Refseq和Ensembl數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄本ID。

檢索結(jié)果如下所示

頁面非常簡潔，只有一個結(jié)果下載的功能。

2. 一次檢索多個miRNA/gene

檢索框如下

支持一次檢索多個miRNA或者Genes，適用于分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)得到的差異gene/miRNA對應(yīng)的靶標(biāo)信息，也支持按照pathways進(jìn)行檢索，適用于直接從功能角度研究某條通路下的靶標(biāo)信息。

以Genes為例， 檢索結(jié)果如下

最上方的下拉列表，可以對結(jié)果進(jìn)行篩選，即可以篩選多個數(shù)據(jù)庫中共有的靶基因信息，也支持根據(jù)結(jié)合區(qū)域所在位置和score值進(jìn)行篩選。

除了結(jié)果導(dǎo)出外，還提供了miRNA和靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)可視化功能Graph和基因集富集功能GSEA。

對于Graph而言，結(jié)果示意如下

用黃色代表miRNA, 藍(lán)色代表gene, 支持導(dǎo)出為SVG, PNG, JPG等格式。
對于GSEA而言，支持以下功能的富集分析

1. reactome pathway

2. kegg  pathway

3. Gene ontology

   
   

結(jié)果示意如下

相比mirDIP, miRWalk提供的物種更多，而且調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的可視化和GSEA富集功能也非常的實(shí)用，但是由于整合的數(shù)據(jù)集較少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP會更加全面一些。

以上是“miRWalk是什么數(shù)據(jù)庫”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！