Epifactors是什么數(shù)據(jù)庫(kù)

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對(duì)于DNA甲基化，組蛋白修飾，染色質(zhì)重塑等表觀遺傳標(biāo)記分子的研究迅猛發(fā)展，在相關(guān)領(lǐng)域已經(jīng)積累了大量的認(rèn)知。通過(guò)對(duì)研究表明的參與這些表觀遺傳機(jī)制的蛋白對(duì)應(yīng)的基因，功能進(jìn)行整理和歸納，構(gòu)建了Epifactors數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://epifactors.autosome.ru/

為了提供更加全面和豐富的認(rèn)知，在傳統(tǒng)的直接參與表觀遺傳的蛋白的基礎(chǔ)上，定義了表觀因子這個(gè)概念，將直接參與表觀遺傳的核心蛋白和其周邊蛋白聯(lián)系起來(lái)，進(jìn)一步豐富了表觀遺傳中相關(guān)分子的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。

將以下幾種蛋白定義為表觀因子

1. Proteins acting as histones, histone variants or protamines;

2. Proteins performing post-translational modifications of histones or recognizing such modifications (histone modification ‘writers’, ‘erasers’ or ‘readers’);

3. Proteins changing the general structure of chromatin (performing chromatin remodeling), including Proteins that move, eject or restructure nucleosomes (ATP-dependent chromatin remodelers) and proteins that incorporate histone variants into the nucleosomes.

4. Proteins assisting histone folding and assembly;

5. Proteins acting upon modifications of DNA or RNA in such a way that it affects gene expression, but not through RNA processing;

6. Protein cofactors forming complexes with epigenetic factors, where complex formation is important for the activity.

   
   

對(duì)這些因子對(duì)應(yīng)的基因，蛋白，產(chǎn)物，構(gòu)成的蛋白復(fù)合體進(jìn)行了詳細(xì)注釋，提供了更加完整的信息鏈。對(duì)于表觀因子的功能進(jìn)行了分類，幾種主要功能相關(guān)的因子數(shù)量統(tǒng)計(jì)如下

官網(wǎng)提供了以下3種類型的檢索和查看方式

1. Genes

2. Complexes

3. Histones and Protamines

   
   

以Genes為例，結(jié)果如下所示

可以看到gene symbol, 蛋白ID, domain, 功能，功能，構(gòu)成的蛋白復(fù)合體，調(diào)控的目標(biāo)分子等信息。

同時(shí)部分因子還提供了在不同細(xì)胞系和組織中的表達(dá)量數(shù)據(jù)，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是免費(fèi)下載的，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)于表觀遺傳領(lǐng)域的研究人員而言，是一個(gè)非常值得參考的數(shù)據(jù)庫(kù)，可以快速對(duì)某個(gè)表觀因子的功能有一個(gè)較為完整的認(rèn)知。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Epifactors是什么數(shù)據(jù)庫(kù)”這篇文章對(duì)大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識(shí)等著你來(lái)學(xué)習(xí)!