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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的基因生存分析是怎樣的

發(fā)布時(shí)間：2021-12-27 17:19:31 來(lái)源：億速云 閱讀：802 作者：柒染 欄目：大數(shù)據(jù)

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的基因生存分析是怎樣的，針對(duì)這個(gè)問(wèn)題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對(duì)應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個(gè)問(wèn)題的小伙伴找到更簡(jiǎn)單易行的方法。

最近看到文獻(xiàn)里面提到了針對(duì)膀胱癌的METTL3基因的生存分析，我定睛細(xì)看，發(fā)現(xiàn)并不是TCGA里面的表達(dá)數(shù)據(jù)，而是IHC的結(jié)果，如下：

f. Kaplan-Meier survival curves of overall survival in 180 bladder cancer patients based on METTL3 expression analyzed by IHC staining. The log-rank test was used to compare differences between two groups (P = 0.0128)

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的基因生存分析是怎樣的  
image-20200414003447516

結(jié)果是相當(dāng)?shù)娘@著哦，所以我就思考，為什么作者要舍近求遠(yuǎn)呢，明明是tcga數(shù)據(jù)庫(kù)里面大把的公共數(shù)據(jù)，很容易檢驗(yàn)自己感興趣的基因是否具有生存效應(yīng)。

所以我就幫助作者在網(wǎng)址：http://gepia2.cancer-pku.cn/#survival 看了看膀胱癌的METTL3基因的生存分析，同樣的UCSC的xena瀏覽器也是可以做到，感興趣的可以去學(xué)習(xí)：GEPIA2詳解（中國(guó)智造-腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)），當(dāng)然了，也可以自行編程探索。

如下，有意思的就來(lái)了：

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的基因生存分析是怎樣的  
image-20200414003502774
其實(shí)更有意思的是，你還可以使用km-plot網(wǎng)頁(yè)工具來(lái)看膀胱癌的METTL3基因的生存分析，雖然我是不相信km-plot網(wǎng)頁(yè)工具結(jié)果的。   我們已經(jīng)多次介紹過(guò)生存分析:  
  • 集思廣益-生存分析可以隨心所欲根據(jù)表達(dá)量分組嗎
  • 生存分析時(shí)間點(diǎn)問(wèn)題
  • 尋找生存分析的最佳基因表達(dá)分組閾值
  • apply家族函數(shù)和for循環(huán)還是有區(qū)別的（批量生存分析出圖bug）
  • TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)生存分析的網(wǎng)頁(yè)工具哪家強(qiáng)
是不是   可以合理的推測(cè)，因?yàn)樽髡甙l(fā)現(xiàn)自己感興趣的基因，也就是METTL3在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的膀胱癌里面并沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的生存意義，所以就想方設(shè)法的去購(gòu)買(mǎi)TMA，看看IHC結(jié)果的針對(duì)膀胱癌的METTL3基因的生存分析。           

關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的基因生存分析是怎樣的問(wèn)題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒(méi)有解開(kāi)，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識(shí)。

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