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python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的

發(fā)布時間:2021-10-09 16:22:11 來源:億速云 閱讀:172 作者:柒染 欄目:大數(shù)據(jù)

python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的,相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策,為此本文總結了問題出現(xiàn)的原因和解決方法,通過這篇文章希望你能解決這個問題。

 
 直接使用pip進行安裝
pip install dna_features_viewer
 
python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的  
image.png
python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的  
image.png

可以提供gff 格式 或者 genbank 格式 注釋文件,也可以手動輸入 基因各個特征的位置

 試著運行其中的一個例子
python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的  
image.png
from dna_features_viewer import GraphicFeature, GraphicRecord
features=[
    GraphicFeature(start=0, end=20, strand=+1, color="#ffd700",
                   label="Small feature"),
    GraphicFeature(start=20, end=500, strand=+1, color="#ffcccc",
                   label="Gene 1 with a very long name"),
    GraphicFeature(start=400, end=700, strand=-1, color="#cffccc",
                   label="Gene 2"),
    GraphicFeature(start=600, end=900, strand=+1, color="#ccccff",
                   label="Gene 3")
]
record = GraphicRecord(sequence_length=1000, features=features)
record.plot(figure_width=5)
 

這里遇到的問題是如何將圖片保存下來呢?

可視化展示還有其他更豐富的功能,有時間再來探索

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

主要分享:1、R語言和python做數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)可視化的簡單小例子;2、園藝植物相關轉錄組學、基因組學、群體遺傳學文獻閱讀筆記;3、生物信息學入門學習資料及自己的學習筆記!

接下來是為了湊字數(shù)申請原創(chuàng)的一些內容 

這個鏈接有許多關于python 做生物信息的內容,其中有一個簡易版本的基因組瀏覽器,爭取把代碼實現(xiàn)一遍

http://dmnfarrell.github.io/

python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的  

看完上述內容,你們掌握 python里用來畫基因結構的模塊是怎樣的的方法了嗎?如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容,歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道,感謝各位的閱讀!

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