如何使用TCGAbiolinks進(jìn)行生存分析

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TCGAbiolinks不僅提供了數(shù)據(jù)的下載功能，還提供了各種各樣的下游分析功能，生存分析是TCGA數(shù)據(jù)最經(jīng)典的應(yīng)用場(chǎng)景之一，通過TCGAbiolinks可以輕松實(shí)現(xiàn)生存分析。

在進(jìn)行生存分析之前，首先要得到患者的臨床數(shù)據(jù)。在之前的文章中介紹了通過GDC來下載臨床數(shù)據(jù)的方法，在GDC中臨床數(shù)據(jù)有兩種形式

1. XML
   每個(gè)樣本的所有臨床信息以XML的格式進(jìn)行存儲(chǔ)，該文件中包含的臨床信息是最為全面的

   
   

2. TSV/JSON
   將需要下載的數(shù)據(jù)添加到GDCcart之后，可以選擇下載tsv或者json格式的臨床信息，這種方式得到的信息只是XML中信息的一個(gè)子集，缺點(diǎn)就是不夠完整，但是對(duì)于生存分析而言卻是足夠了，而且該文件中患者的生存信息比XML文件更新的快。

   
   

這兩種臨床信息的下載方式如下

1.  TSV/JSON

結(jié)果示意如下

2. XML

結(jié)果示意如下

此外，還提供了從GDC Legacy Archive數(shù)據(jù)庫(kù)下載臨床信息的功能，用法如下

在進(jìn)行生存分析時(shí)，更推薦使用TSV/JSON格式的生存信息，更新的更加及時(shí)，具體用法如下

結(jié)果如下所示

到此，關(guān)于“如何使用TCGAbiolinks進(jìn)行生存分析”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬?shí)用的文章！