TCGA如何繪制生存曲線圖

小編給大家分享一下TCGA如何繪制生存曲線圖，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

生存曲線圖的繪制

在單因素生存分析完成之后，可以繪制一個單因素的生存曲線圖。

# 表達信息和生存數(shù)據(jù)整合到 exprSet, 其格式如下：

  bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4
1        TCGA-2W-A8YY  148      0  3.981761        23.89057
2        TCGA-4J-AA1J  226      0 37.491171        19.63823
3        TCGA-BI-A0VR 1505      0 10.891560         3.63052
4        TCGA-BI-A0VS  925      0  3.877719        19.38859
5        TCGA-BI-A20A   72      0 16.789319        12.21041
6        TCGA-C5-A0TN  348      1  7.835572        28.73043


# 針對顯著性的基因繪制生成曲線
my.surv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)

# 循環(huán)遍歷顯著的基因
for(gene in names(log_rank_p) ){
  values <- exprSet[,gene]
   # 基于基因的表達量，分成兩個組別
  group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low')
  kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=exprSet)
  summary(kmfit2)
  ggsurvplot(kmfit2, conf.int=T, pval=TRUE, title=gene)
  ggsave(paste(gene,'_survival.pdf', sep = ""),width = 10,height = 5)
}

繪制完的圖如下：

以上是“TCGA如何繪制生存曲線圖”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！