如何進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)庫的分析

這篇文章給大家介紹如何進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)庫的分析，內(nèi)容非常詳細(xì)，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。

TCGA全稱如下

The Cancer Genome Atlas

是由National Cancer Institute ( NCI, 美國國家癌癥研究所) 和  National Human Genome Research Institute (NHGRI, 國家人類基因組研究所) 合作建立的癌癥研究項目，通過收集整理癌癥相關(guān)的各種組學(xué)數(shù)據(jù)，提供了一個大型的，免費(fèi)的癌癥研究參考數(shù)據(jù)庫。

目前共收錄了33種癌癥類型，超過了2個PB的數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)是免費(fèi)公開的，極大的幫助癌癥研究者提高對癌癥的預(yù)防，診斷和治療。該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga

數(shù)據(jù)類型包括以下幾種

1. RNA sequencing

2. MicroRNA sequencing

3. DNA sequencing

4. SNP-based platforms

5. Array-based DNA methylation sequencing

6. Reverse-phase array(RPPA)

   
   

涵蓋了基因組，轉(zhuǎn)錄組，表觀遺傳，蛋白組等各個組學(xué)數(shù)據(jù)，提供了一個全方位，多維度的數(shù)據(jù)。 官方提供了對應(yīng)的下載工具Genomic Data Commons Datga Portal,  簡稱GDC, 網(wǎng)址如下

https://portal.gdc.cancer.gov/

同時還有很多的第三方工具，比如

1. cBioPortal

2. ForeBrowse

3. UCSC  Xena

   
   

官方的工具主要功能是查看和下載數(shù)據(jù)，只有非常簡單的分析功能，而第三方工具則側(cè)重于基于TCGA的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。目前針對TCGA的數(shù)據(jù)，常用的分析包括以下幾種

1. 生存分析

2. 腫瘤患者和正常人的差異分析

3. 組學(xué)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)的相關(guān)性

基于TCGA等公共數(shù)據(jù)庫的挖掘是目前研究的一個熱點(diǎn)，在文章中也經(jīng)常會使用TCGA的數(shù)據(jù)來和自己實際的數(shù)據(jù)相互映證。了解和掌握TCGA數(shù)據(jù)的用法勢在必行，在后續(xù)文章中會詳細(xì)介紹。

關(guān)于如何進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)庫的分析就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。