如何使用OncoLnc進(jìn)行TCGA生存

本篇內(nèi)容介紹了“如何使用OncoLnc進(jìn)行TCGA生存”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過(guò)程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來(lái)就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

通過(guò)收集整理TCGA中不同腫瘤患者的生存數(shù)據(jù)和基因表達(dá)譜信息，OncoLnc提供了一個(gè)生存分析的web服務(wù)，對(duì)應(yīng)文章的鏈接如下

https://peerj.com/articles/cs-67/

網(wǎng)址如下

http://www.oncolnc.org/

OncoLnc收集了TCGA中21種腫瘤，共8647個(gè)病人的生存數(shù)據(jù)，以及對(duì)應(yīng)的mRNA和miRNA的表達(dá)譜數(shù)據(jù)。同時(shí)收集了來(lái)自MiTranscriptome項(xiàng)目lncRNA表達(dá)量數(shù)據(jù)，從而提供了包含mRNA，miRNA，lncRNA 3中基因的生存分析，可以方便的挖掘各種腫瘤中和生存相關(guān)的基因。

用法非常的簡(jiǎn)單，示意如下

1. 選擇感興趣的基因和腫瘤

在首頁(yè)的搜索框中輸入需要查詢的基因，可以是entrez ID, 也可以是gene  symbol。以TP53為例，示意如下

點(diǎn)擊submit按鈕，可以看到事先用cox回歸計(jì)算好的生存分析結(jié)果，示意如下

選擇感興趣的腫瘤，可以進(jìn)一步進(jìn)行KM生存分析。

2. 輸入樣本分組

為了探究基因和生存的相關(guān)性，這里根據(jù)基因表達(dá)量的大小將樣本分為high和low兩組，自己指定每組的比例，加起來(lái)是100%， 示意如下

上圖中設(shè)置兩組的比例都是50%，根據(jù)該基因的表達(dá)量從低到高排序，前50% 定義為地表達(dá)組，后50%定義為高表達(dá)組，示意如下

3. KM生存分析

確定好分組之后，點(diǎn)擊submit, 就可以得到如下所示的生存分析結(jié)果

通過(guò)OncoLnc可以方便的進(jìn)行TCGA數(shù)據(jù)的生存分析，快速的查看多種腫瘤中與生存相關(guān)的基因。

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