如何使用GDC在線查看TCGA數(shù)據(jù)

這篇文章主要介紹“如何使用GDC在線查看TCGA數(shù)據(jù)”，在日常操作中，相信很多人在如何使用GDC在線查看TCGA數(shù)據(jù)問(wèn)題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡(jiǎn)單好用的操作方法，希望對(duì)大家解答”如何使用GDC在線查看TCGA數(shù)據(jù)”的疑惑有所幫助！接下來(lái)，請(qǐng)跟著小編一起來(lái)學(xué)習(xí)吧！

GDC是Genomic Data Commons的縮寫(xiě)，是由美國(guó)國(guó)家癌癥研究所NCI建立的一套癌癥數(shù)據(jù)共享系統(tǒng)，整合包括TCGA在內(nèi)的多個(gè)癌癥數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息，提供了癌癥數(shù)據(jù)的統(tǒng)一存儲(chǔ)，管理，展示，將數(shù)據(jù)與世界范圍內(nèi)的癌癥基因組學(xué)研究者共享，網(wǎng)址如下

https://portal.gdc.cancer.gov/

數(shù)據(jù)來(lái)源于以下多個(gè)大型癌癥研究組織和項(xiàng)目

1. Foundation Medicine(FM)

2. Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium(CPTAC)

3. THe Cancer Genome Atlas(TCGA)

4. Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET)

5. Human Cancer Model Initiative (HCMI)

   
   

以上只是部分來(lái)源信息，而且還在陸續(xù)更新，以后也會(huì)有新的來(lái)源數(shù)據(jù)整合到GDC中。當(dāng)然，到目前為止，該數(shù)據(jù)庫(kù)中最大的數(shù)據(jù)依然是來(lái)自TCGA的數(shù)據(jù)。

為了方便管理如果大量的數(shù)據(jù)，建立了一個(gè)統(tǒng)一的數(shù)據(jù)模型，如下所示

最高層級(jí)為program,對(duì)應(yīng)不同的數(shù)據(jù)來(lái)源，如TCGA, TARGET等；第二層為project, 代表一系列患者對(duì)應(yīng)的；第三層為case,代表的是同一個(gè)患者的所有相關(guān)數(shù)據(jù)，包括SNV, CNV，基因表達(dá)譜等多種數(shù)據(jù)，需要注意的是case和sample是一對(duì)多的關(guān)系，一個(gè)患者可以取多份樣本；最后一層是每個(gè)case相關(guān)的數(shù)據(jù)，即Files, 數(shù)據(jù)類(lèi)型是多種多樣的，包括序列，基因表達(dá)譜，SNV, CNV, 甲基化，臨床信息等多種數(shù)據(jù)。

以上只是個(gè)人總結(jié)的簡(jiǎn)化版的模型，便于理解數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息，實(shí)際包含的數(shù)據(jù)類(lèi)型更多，模型也更加復(fù)雜。數(shù)據(jù)庫(kù)的首頁(yè)提供了以下多個(gè)導(dǎo)航欄

1. project

可以查看所有項(xiàng)目的數(shù)據(jù)，也可以通過(guò)左側(cè)的篩選框進(jìn)行篩選，project相關(guān)屬性如下所示

primary site表示樣本對(duì)應(yīng)的組織，program表示數(shù)據(jù)來(lái)源，disease type表示腫瘤類(lèi)型，data category表示數(shù)據(jù)類(lèi)型，比如序列，SNV, CNV等等，experimental Strategy表示實(shí)驗(yàn)類(lèi)型，比如轉(zhuǎn)錄組，WGS, 甲基化芯片等。

表格形式的結(jié)果示意如下

第一列的project id由program加上腫瘤對(duì)應(yīng)編碼構(gòu)成，腫瘤名稱(chēng)和編碼的對(duì)應(yīng)關(guān)系部分展示如下

點(diǎn)擊project id可以查看summary信息，以TCGA-BRCA為例，示意如下

2.  Exploration

這部分支持從以下3個(gè)方面來(lái)查看和篩選數(shù)據(jù)

1. Cases

2. Genes

3. Mutations

   
   

Cases相關(guān)的屬性如下

Genes相關(guān)的屬性如下

Mutations相關(guān)的屬性如下所示

以Cases為例，結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊第一列的case id,可以查看summary信息。除此之外，還提供了OncoGrid功能，對(duì)top50個(gè)突變基因的SNV, CNV在top200個(gè)cases中的分布進(jìn)行可視化，示意如下

3. Analysis

這部分對(duì)于篩選出的數(shù)據(jù)進(jìn)行以下兩種分析

1. venn analysis

2. survival analysis

   
   

結(jié)果示意如下

4. Repository

這部分包含了所有可用下載的數(shù)據(jù)，可以從Files和Cases兩個(gè)方面來(lái)查看和篩選數(shù)據(jù)，Files相關(guān)的屬性如下

以Files為例，結(jié)果示意如下

通過(guò)點(diǎn)擊購(gòu)物車(chē)圖標(biāo)，可以將篩選好的數(shù)據(jù)集加入到到購(gòu)物車(chē)，然后進(jìn)行下載。對(duì)于感興趣的單個(gè)數(shù)據(jù)集，直接點(diǎn)擊網(wǎng)頁(yè)上的下載按鈕就可以下載了，但是對(duì)于數(shù)據(jù)量較大的數(shù)據(jù)集，就需要通過(guò)官方提供的客戶端軟件來(lái)下載。

到此，關(guān)于“如何使用GDC在線查看TCGA數(shù)據(jù)”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！