如何使用kmplot在線進(jìn)行生存分析

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用kmplot在線進(jìn)行生存分析”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用kmplot在線進(jìn)行生存分析”吧!

kmplot是一個生存分析的在線工具，最初是設(shè)計用來對肝癌中的miRNA進(jìn)行生存分析，對應(yīng)的文章發(fā)表在scientific reports上，鏈接如下

https://www.nature.com/articles/s41598-018-27521-y.pdf

數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的過程如下

從TCGA, GEO等大型數(shù)據(jù)庫中收集肝癌相關(guān)的miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)，同時從文獻(xiàn)中整理已報到的生存相關(guān)biomarker miRNA進(jìn)行生存分析，綜合cox回歸和差異表達(dá)的結(jié)果，進(jìn)一步篩選biomarker miRNA。

后來在此基礎(chǔ)上進(jìn)一步拓展, 目前支持21種腫瘤類型，包括miRNA和mRNA的生存分析，網(wǎng)址如下

http://kmplot.com/analysis/

用法也非常簡單，以乳腺癌為例，點擊首頁對應(yīng)的菜單進(jìn)入對應(yīng)的分析頁面

1. 輸入感興趣的基因

支持探針I(yè)D或者gene  symbol, 會有對應(yīng)的提示框，這里以tp53為例，如下圖所示

也可以通過use multiple genes, 輸入多個基因，批量進(jìn)行生存分析

2. 確定樣本分組策略

根據(jù)基因表達(dá)量將樣本分成高低兩組，這里支持按照均值等多種統(tǒng)計量來分類，示意如下

3. 確定生存分析的類型

支持多種事件的生存分析，對應(yīng)不同的類型，示意如下

RFS對應(yīng)relapse free survival，以復(fù)發(fā)作為生存分析中的事件，用來分析手術(shù)治療的效果，RFS的具體解釋參見以下鏈接

https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/rfs

OS代表Overall survival，分析從確診開始之后患者的生存時間，OS的具體解釋參見以下鏈接

https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/os

DMFS代表Distant Metastasis Free survival, 將腫瘤的轉(zhuǎn)移作為生存分析中的事件；PPS代筆post progression survival, 主要分析預(yù)后的生存情況。

4. 篩選樣本

可以根據(jù)臨床信息等指標(biāo)篩選樣本，當(dāng)然這一步是可選的，示意如下

確定好之后，直接點擊Draw Kaplan-Meier plot即可，結(jié)果如下所示

到此，相信大家對“如何使用kmplot在線進(jìn)行生存分析”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！