KEGG API的用法是怎樣的

KEGG API的用法是怎樣的，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。

get

根據(jù)提供的kegg 標識符，返回特定的記錄，多個標識符之間用+ 連接，一次最多允許10個標識符，格式如下

http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]
dbentries = KEGG database entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja
option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json

共有兩種用法

第一種用法，不帶任何的option, 返回的結果和網(wǎng)頁版的結果類似

示例：返回hsa:10458基因的信息

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458

ENTRY       10458             CDS       T01001
NAME        BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53
DEFINITION  (RefSeq) BAI1 associated protein 2
ORTHOLOGY   K05627  BAI1-associated protein 2
ORGANISM    hsa  Homo sapiens (human)
PATHWAY     hsa04520  Adherens junction
            hsa04810  Regulation of actin cytoskeleton
BRITE       KEGG Orthology (KO) [BR:hsa00001]
             Cellular Processes
              Cellular community - eukaryotes
               04520 Adherens junction
                10458 (BAIAP2)
              Cell motility
               04810 Regulation of actin cytoskeleton
                10458 (BAIAP2)
            Membrane trafficking [BR:hsa04131]
             Endocytosis
              Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) family proteins
               I-BAR proteins
                10458 (BAIAP2)
POSITION    17q25.3
...

第二種用法，后面加上options 操作，需要注意的是，特定的數(shù)據(jù)庫有特定的option。

對于gene 數(shù)據(jù)庫而言，支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列
示例：返回基因的核酸序列

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458/ntseq

>hsa:10458 K05627 BAI1-associated protein 2 | (RefSeq) BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53; BAI1 associated protein 2 (N)
atgtctctgtctcgctcagaggagatgcaccggctcacggaaaatgtctataagaccatc
atggagcagttcaaccctagcctccggaacttcatcgccatggggaagaattacgagaag
gcactggcaggtgtgacgtatgcagccaaaggctactttgacgccctggtgaagatgggg
gagctggccagcgagagccagggctccaaagaactcggagacgttctcttccagatggct
gaagtccacaggcagatccagaatcagctggaagaaatgctgaagtcttttcacaacgag
ctgcttacgcagctggagcagaaggtggagctgga

對于pathway 數(shù)據(jù)庫而言，支持 image ， conf， kgml  ，但是一次只允許查詢1條記錄
示例： 返回hsa05130的通路圖

http://rest.kegg.jp/get/hsa05130/image

對于 compound, glycan, drus 數(shù)據(jù)庫，支持 images ,  mcol,  kcf 操作，對于images , 一次只允許返回一條記錄

示例 : 返回 C00002的結構示意圖

http://rest.kegg.jp/get/C00002/image

conv

轉換kegg 的ID 和其他數(shù)據(jù)庫的ID
第一種格式，所有記錄之間的轉換

http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db
(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)
For gene identifiers:
kegg_d> = org
org = KEGG organism code or T number
outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot
For chemical substance identifiers:
kegg_db = compound | glycan | drug
outside_db = pubchem | chebi

示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 進行轉換

http://rest.kegg.jp/conv/hsa/ncbi-geneid

ncbi-geneid:1    hsa:1
ncbi-geneid:10    hsa:10
ncbi-geneid:100    hsa:100
ncbi-geneid:1000    hsa:1000
ncbi-geneid:100008587    hsa:100008587
ncbi-geneid:100008588    hsa:100008588
ncbi-geneid:100008589    hsa:100008589
ncbi-geneid:100009667    hsa:100009667
ncbi-geneid:100009676    hsa:100009676

第二種格式， 某幾條記錄之間的轉換，格式和第一種相同，只不過每次返回幾條記錄之間的對應關系，多條記錄用+ 連接，1次最多允許10條記錄

示例，查詢hsa:10458和 ece:Z5100 兩個基因對應的 ncbi protein id

http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458    ncbi-proteinid:NP_059345
ece:Z5100    ncbi-proteinid:AAG58814

link

檢索兩個數(shù)據(jù)庫之間的關聯(lián)，共有兩種用法

第一種，兩個數(shù)據(jù)庫之間的關聯(lián)

http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db
target_db = database
source_db = database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed

示例：human 基因和pathway 之間的對應關系

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

hsa:10327    path:hsa00010
hsa:124    path:hsa00010
hsa:125    path:hsa00010
hsa:126    path:hsa00010
hsa:127    path:hsa00010
hsa:128    path:hsa00010
hsa:130    path:hsa00010

第二種，查詢某幾條記錄在兩個數(shù)據(jù)庫之間的關聯(lián)

示例：查詢hsa:10458和ece:Z5100 兩個基因對應的pathway 信息

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:10458+ece:Z5100

hsa:10458 path:hsa04520
hsa:10458 path:hsa04810
ece:Z5100 path:ece05130

ddi

查找藥物之間的相互作用關系 , URL 格式如下

http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry
dbentry = Single entry of the following database
database = drug | ndc | yj
可以提供1個藥物的ID, 也可以一次提供多個，多個ID 用 + 連接

示例 ： 查詢和D005664 這種藥物存在相互作用的記錄

http://rest.kegg.jp/ddi/D00564

dr:D00564    cpd:C00304    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C01946    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C04931    P    unclassified
dr:D00564    cpd:C05849    P    unclassified

kegg API 允許我們方便的獲取各種資源，最大的好處是我們可以通過程序批量下載，比如批量下載一個物種所有的pathway通路圖或者kgml 文件。

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