溫馨提示×

您好，登錄后才能下訂單哦！

密碼登錄×
登錄注冊(cè)×
其他方式登錄
點(diǎn)擊 登錄注冊(cè) 即表示同意《億速云用戶(hù)服務(wù)條款》

clusterProfiler的GO與KEGG功能有哪些

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 15:49:21 來(lái)源：億速云 閱讀：167 作者：iii 欄目：開(kāi)發(fā)技術(shù)

這篇“clusterProfiler的GO與KEGG功能有哪些”文章的知識(shí)點(diǎn)大部分人都不太理解，所以小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，內(nèi)容詳細(xì)，步驟清晰，具有一定的借鑒價(jià)值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來(lái)看看這篇“clusterProfiler的GO與KEGG功能有哪些”文章吧。

支持的20個(gè)模式物種列表如下：

PackageMaintainerTitleIndex
org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3
org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5
org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rat19
org.Sc.sgd.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Yeast28
org.Dm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Fly31
org.At.tair.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Arabidopsis32
org.Dr.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Zebrafish37
org.Ce.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Worm44
org.Bt.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Bovine53
org.Gg.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Chicken56
org.Cf.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Canine61
org.Ss.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Pig64
org.Mmu.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rhesus70
org.EcK12.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for E coli strain K1276
org.Xl.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Xenopus111
org.Ag.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Anopheles114
org.Pt.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Chimp121
org.Pf.plasmo.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Malaria132
org.EcSakai.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for E coli strain Sakai137
org.Mxanthus.dbEduardo Illueca FernándezGenome wide annotation for Myxococcus xanthus DK 1622944

簡(jiǎn)單總結(jié)clusterProfiler包進(jìn)行GO、KEGG的富集分析方法，結(jié)果輸出及內(nèi)置的圖形展示。

#安裝富集分析需要的包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("enrichplot")
BiocManager::install("GSEABase")
BiocManager::install("pathview")
BiocManager::install("clusterProfiler")
#20個(gè)模式物種注釋文件：https://www.億速云.com/article/1244
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
#非模式物種需要的包
BiocManager::install("AnnotationHub")
BiocManager::install("biomaRt")

#######加載必要的包#####################################################
library(clusterProfiler)
library(pathview)
library(GSEABase)
library(enrichplot)
#模式物種
library(AnnotationHub)
library(biomaRt)
############################################################

以上就是關(guān)于“clusterProfiler的GO與KEGG功能有哪些”這篇文章的內(nèi)容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內(nèi)容對(duì)大家有幫助，若想了解更多相關(guān)的知識(shí)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

向AI問(wèn)一下細(xì)節(jié)

免責(zé)聲明：本站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以原創(chuàng)、轉(zhuǎn)載和分享為主，文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)聯(lián)系站長(zhǎng)郵箱：is@yisu.com進(jìn)行舉報(bào)，并提供相關(guān)證據(jù)，一經(jīng)查實(shí)，將立刻刪除涉嫌侵權(quán)內(nèi)容。

AI
助
手