KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫的原理是什么

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

KEGG Reaction 是收錄酶促反應(yīng)相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫，包含了所有代謝通路中的酶促反應(yīng)和一些只在enzyme 數(shù)據(jù)庫中有記錄的酶促反應(yīng)，每條記錄用R Number 唯一標(biāo)識。

R00259 的詳細(xì)記錄如下：

每個字段的含義如下：

這里有一個Reaction Class 的概念，kegg 根據(jù)反應(yīng)兩邊化學(xué)物質(zhì)轉(zhuǎn)換的模式將酶促反應(yīng)進(jìn)行了分類。這個轉(zhuǎn)換的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。

kegg 官網(wǎng)給出了如下的示意圖：

在理解上面這幅圖之前，我們必須了解kegg atom type 這個概念。 kegg 對C, N, O, P, S 這5種原子根據(jù)相連的基團(tuán)進(jìn)行了分類，這個分類就是atom type;
完整的latom type 詳見以下鏈接

http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html

這里我列出了上面示意圖中涉及到的相關(guān)條目

R  代表對應(yīng)的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。

在R00259對應(yīng)的酶促反應(yīng)中，出現(xiàn)了C00025 轉(zhuǎn)化成 C00624 的情況，這兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型是怎么樣的呢？

首先將物質(zhì)的結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換成atom type 的表示模式，其實就是將分子中的每個C, N, O, P, S 用對應(yīng)的atom type 表示，然后觀察反應(yīng)前后對應(yīng)的R, D, M 分別是什么元素，就能得到對應(yīng)的RDM模型。通過RDM 模型就能知道這個反應(yīng)對應(yīng)的Reaction Class。如何準(zhǔn)確的判斷兩種物質(zhì)轉(zhuǎn)換對應(yīng)的RDM模型，官網(wǎng)上也沒有非常詳細(xì)的說明，這里我們簡單理解，知道是根據(jù)這個概念對應(yīng)reaction 進(jìn)行分類的就可以了。

總結(jié)

1.Reaction數(shù)據(jù)庫記錄了酶促反應(yīng)的信息，每個反應(yīng)用R Number 標(biāo)識；
2.對于所有的酶促反應(yīng)，kegg 通過RDM 模型對其進(jìn)行了分類。

上述就是小編為大家分享的KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。