Pacbio三代全長轉(zhuǎn)錄組如何進行轉(zhuǎn)錄本的合并

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Pacbio三代全長轉(zhuǎn)錄組(Iso-Seq ) 進行轉(zhuǎn)錄本的合并

三代轉(zhuǎn)錄組，當多個樣本進行常規(guī)的分析之后需要將多個樣品中的轉(zhuǎn)錄本合并成一套unigene, 這個可以采用Cupcake 中的“chain_samples.py” 這個腳本來分析。
該腳本的運行命令如下：

usage: chain_samples.py [-h] [--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION]
                        [--allow_5merge]
                        config_file
                        {norm_fl,norm_nfl,norm_nfl_amb,count_fl,count_nfl,count_nfl_amb}

輸入文件需要一個配置文件即可。

1. 制備配置文件

該腳本的運行需要配置文件,配置文件的格式非常的重要，如下（# 是注釋，請忽略）：

# sample name 是不同樣本的名稱
# path  是不同樣本進行isoforms collapse分析的目錄
# prefix 是文件的前綴，需要保持在不同樣品的分析目錄中一致
SAMPLE=<sample name>;<path>
SAMPLE=<sample name>;<path>

GROUP_FILENAME=<prefix>.group.txt
GFF_FILENAME=<prefix>.gff
COUNT_FILENAME=<prefix>.count.txt
FASTQ_FILENAME=<prefix>.rep.fastq

2. 參數(shù)選項

--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION ：  這個是設(shè)置鏈接點處的允許不同堿基的最大數(shù)量

--allow_5merge： 這個是設(shè)置，是否允許對5'不一致的轉(zhuǎn)錄本進行截斷

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