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R語(yǔ)言怎么計(jì)算轉(zhuǎn)錄組中Count, TPM,FPKM

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 13:45:37 來(lái)源：億速云 閱讀：2177 作者：iii 欄目：開(kāi)發(fā)技術(shù)

本文小編為大家詳細(xì)介紹“R語(yǔ)言怎么計(jì)算轉(zhuǎn)錄組中Count, TPM,FPKM”，內(nèi)容詳細(xì)，步驟清晰，細(xì)節(jié)處理妥當(dāng)，希望這篇“R語(yǔ)言怎么計(jì)算轉(zhuǎn)錄組中Count, TPM,FPKM”文章能幫助大家解決疑惑，下面跟著小編的思路慢慢深入，一起來(lái)學(xué)習(xí)新知識(shí)吧。

R 代碼如下：

countToTpm <- function(counts, effLen)
{
  rate <- log(counts) - log(effLen)
  denom <- log(sum(exp(rate)))
  exp(rate - denom + log(1e6))
}

countToFpkm <- function(counts, effLen)
{
  N <- sum(counts)
  exp( log(counts) + log(1e9) - log(effLen) - log(N) )
}

fpkmToTpm <- function(fpkm)
{
  exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6))
}

countToEffCounts <- function(counts, len, effLen)
{
  counts * (len / effLen)
}

讀到這里，這篇“R語(yǔ)言怎么計(jì)算轉(zhuǎn)錄組中Count, TPM,FPKM”文章已經(jīng)介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識(shí)點(diǎn)還需要大家自己動(dòng)手實(shí)踐使用過(guò)才能領(lǐng)會(huì)，如果想了解更多相關(guān)內(nèi)容的文章，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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