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Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組中融合基因的示例分析

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 11:03:56 來(lái)源：億速云 閱讀：209 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章主要為大家展示了“Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組中融合基因的示例分析”，內(nèi)容簡(jiǎn)而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組中融合基因的示例分析”這篇文章吧。

Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組(Iso-Seq 3)  中融合基因的分析，可以采用Cupcake 中的“fusion_finder.py” 這個(gè)腳本來(lái)分析。

fusion_finder.py --input  hq_isoforms.fastq --fq -s  hq_isoforms.fastq.sorted.sam  -o lq_isoforms.fasta.fusion --cluster_report_csv cluster_report.csv

參數(shù)說(shuō)明：

hq_isoforms.fastq : 這個(gè)文件是在polish的結(jié)果中的hq fastq

hq_isoforms.fastq.sorted.sam : 這個(gè)是和基因組比對(duì)的sam 

lq_isoforms.fasta.fusion: 這個(gè)是輸出結(jié)果

cluster_report.csvZ: 這個(gè)是在cluster過(guò)程中的報(bào)告結(jié)果

以上是“Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組中融合基因的示例分析”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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