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如何使用CD-HIT合并pacbio轉(zhuǎn)錄本

發(fā)布時(shí)間：2022-03-19 10:31:41 來源：億速云 閱讀：221 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章主要為大家展示了“如何使用CD-HIT合并pacbio轉(zhuǎn)錄本”，內(nèi)容簡(jiǎn)而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“如何使用CD-HIT合并pacbio轉(zhuǎn)錄本”這篇文章吧。

CD-HIT合并pacbio轉(zhuǎn)錄本

Pacbio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組采用isoseq3 進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄本的篩選，聚類和校正之后得到高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄本序列，可以對(duì)序列再進(jìn)行一定的合并操作。

采用cDNA_Cupcaake 文檔中提供的cd-hit方案，運(yùn)行命令如下：

cd-hit-est -i <input> -o <output> -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30

參數(shù)說明：

input: 是pacbio 的isoseq 3 輸出的高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄本序列文件

output: 輸出的合并序列文件

-c : 序列相似性，99%的相似性

-T ： 線程數(shù)，6個(gè)線程

-G： 采用的比對(duì)策略，默認(rèn)是1，采用全局比對(duì)。這地方設(shè)置為0，將采用局部比對(duì)策略。

-aL: 長(zhǎng)序列的覆蓋度，設(shè)置為90%

-AL: 長(zhǎng)序列覆蓋區(qū)域的長(zhǎng)度，設(shè)置為最小100bp

-aS: 短序列的覆蓋度，設(shè)置為99%

-AS: 短序列覆蓋區(qū)域的最小長(zhǎng)度，設(shè)置為30bp

以上是“如何使用CD-HIT合并pacbio轉(zhuǎn)錄本”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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