iTOL如何對(duì)進(jìn)化樹(shù)添加外部標(biāo)簽

小編給大家分享一下iTOL如何對(duì)進(jìn)化樹(shù)添加外部標(biāo)簽，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

iTOL對(duì)進(jìn)化樹(shù)添加外部標(biāo)簽

在畫(huà)進(jìn)化樹(shù)，需要對(duì)標(biāo)簽添加一些信息時(shí)，可以使用iTOL對(duì)其添加外部標(biāo)簽。

準(zhǔn)備好要添加信息的注釋文件，如下：

DATASET_TEXT
#In text datasets, each ID is associated to text label, which can be displayed directly on the node branch, or outside the tree
#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing
#=================================================================#
#                    MANDATORY SETTINGS                           #
#=================================================================#
#select the separator which is used to delimit the data below (TAB,SPACE or COMMA).This separator must be used throughout this file (except in the SEPARATOR line, which uses space).
#SEPARATOR TAB
#SEPARATOR SPACE
SEPARATOR COMMA
#label is used in the legend table (can be changed later)
DATASET_LABEL,example text dataset 2
#dataset color (can be changed later)
COLOR,#ff00ff
#=================================================================#
#                    OPTIONAL SETTINGS                            #
#=================================================================#
#=================================================================#
#     all other optional settings can be set or changed later     #
#           in the web interface (under 'Datasets' tab)           #
#=================================================================#
#left margin, used to increase/decrease the spacing to the next dataset. Can be negative, causing datasets to overlap. Used only for text labels which are displayed on the outside
MARGIN,0
#applies to external text labels only; if set, text labels associated to internal nodes will be displayed even if these nodes are not collapsed. It could cause overlapping in the dataset display.
SHOW_INTERNAL,0
#Rotate all labels by the specified angle
LABEL_ROTATION,0
#applies to external text labels only; If set to 1, labels will be displayed in arcs aligned to the tree (in circular mode) or vertically (in normal mode). All rotation parameters (global or individual) will be ignored.
ALIGN_TO_TREE,0
#font size factor; For external text labels, default font size will be slightly less than the available space between leaves, but you can set a multiplication factor here to increase/decrease it (values from 0 to 1 will decrease it, values above 1 will increase it)
SIZE_FACTOR,1
#Internal tree nodes can be specified using IDs directly, or using the 'last common ancestor' method described in iTOL help pages
#=================================================================#
#       Actual data follows after the "DATA" keyword              #
#=================================================================#
#the following fields are possible for each node:
#ID,label,position,color,style,size_factor,rotation
#position defines the position of the pie chart on the tree:
#  -1 = external label
#  a number between 0 and 1 = internal label positioned at the specified value along the node branch (for example, position 0 is exactly at the start of node branch, position 0.5 is in the middle, and position 1 is at the end)
#style can be 'normal',''bold','italic' or 'bold-italic'
#size factor will be multiplied with the standard font size
DATA
#Examples
9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,0.2,0
4932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90
160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,2,90
2234,Archaea,-1,#0000ff,normal,2,-45
727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,0.5,0

DATA之前的部分都是格式聲明，照抄即可。之后就是具體標(biāo)簽添加的信息，以","鍵分隔，第一列為原始標(biāo)簽；第二列是添加的外部標(biāo)簽；第三列是-1，代表外部標(biāo)簽；之后幾列分別是顏色、字體、大小以及方向設(shè)置。準(zhǔn)備好數(shù)據(jù)后就可以加到進(jìn)化樹(shù)中了。

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