如何使用itol批量修改進(jìn)化樹中的名稱及添加分組名稱

這篇文章主要為大家展示了“如何使用itol批量修改進(jìn)化樹中的名稱及添加分組名稱”，內(nèi)容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“如何使用itol批量修改進(jìn)化樹中的名稱及添加分組名稱”這篇文章吧。

配置文件準(zhǔn)備

首先來看一下所需要的文件的格式：

LABELS
SEPARATOR TAB
DATA
#NODE_ID,LABEL

4530    Oryza sativa
45157    Cyanidioschyzon merolae
237895    Cryptosporidium hominis
184922    Giardia lamblia
56636    Aeropyrum pernix
3702    Arabidopsis thaliana
33169    Eremothecium gossypii
222523    Bacillus cereus ATCC 10987
1423    Bacillus subtilis
216816    Bifidobacterium longum

格式說明：

注釋文件中以"#"開頭的行是注釋行，只起說明作用，iTOL不會讀取該行的內(nèi)容。

LABELS：注釋文件數(shù)據(jù)類型聲明，這里聲明數(shù)據(jù)集是對進(jìn)化樹標(biāo)簽進(jìn)行修改。

SEPARATOR TAB：指定數(shù)據(jù)分隔符，即數(shù)據(jù)列與列之間使用Tab分隔。也可指定分隔符為空格，需將"TAB"改為"SPACE"。（建議使用Tab分隔，這樣修改的標(biāo)簽中可以使用空格）

如果沒有特殊設(shè)置，以上部分通常不需要改，直接拷貝使用即可。

DATA 之后的行就是所有標(biāo)簽修改的數(shù)據(jù)信息。數(shù)據(jù)分為兩列，第一列為進(jìn)化樹枝的原來的名稱，第二列是修改后的名稱。

配置文件美化

按照以上格式準(zhǔn)備好注釋文件，準(zhǔn)備好文件后直接將其拖到iTOL進(jìn)化樹展示所在的位置，就能自動修改進(jìn)化樹的標(biāo)簽了。

添加外部分組名稱

除此之外，還可以在進(jìn)化樹中添加外部分組名稱，同樣可以展示樣品的更多信息。

添加外部標(biāo)簽所需要的注釋文件格式如下：

DATASET_TEXT
#SEPARATOR TAB
#SEPARATOR SPACE
SEPARATOR COMMA
DATASET_LABEL,example text dataset 2
COLOR,#ff00ff
MARGIN,0
LABEL_ROTATION,0

DATA
#the following fields are possible for each node:
#ID,label,position,color,style,size_factor,rotation

9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,1.5,45
4932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90
160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,4,90
2234,Archaea,-1,#0000ff,normal,3,-45
727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,1,0

格式說明：

配置文件中以"#"開頭的行是注釋行，只起說明作用，iTOL不會讀取該行的內(nèi)容。

DATASET_TEXT：配置文件數(shù)據(jù)類型聲明，這里聲明數(shù)據(jù)集是對進(jìn)化樹添加文本信息。

SEPARATOR COMMA：指定數(shù)據(jù)分隔符，即數(shù)據(jù)列與列之間使用逗號分隔。

COLOR,#ff00ff：指定數(shù)據(jù)集初始顏色，可在后面進(jìn)行更改。

MARGIN 0：指定外部標(biāo)簽與進(jìn)化樹之間的距離，可為負(fù)數(shù)，會導(dǎo)致與進(jìn)化樹重疊。

LABEL_ROTATION,0指定外部標(biāo)簽的初始角度。

如果沒有特殊設(shè)置，以上部分通常不需要改，直接拷貝使用即可。

DATA 之后的行就是所有外部分組的數(shù)據(jù)信息。數(shù)據(jù)分為七列，第一列為進(jìn)化樹枝節(jié)點(diǎn)ID，第二列是外部分組名稱，第三列是名稱位置："-1"代表位于外部，第四列是分組名稱顏色，第五列是字體設(shè)置，第六列是字體大小，最后一列是名稱的角度。

同樣的，按照以上格式準(zhǔn)備好注釋文件后，直接將其拖到iTOL進(jìn)化樹展示所在的位置，就能自動在進(jìn)化樹中添加外部分組名稱了。

以上是“如何使用itol批量修改進(jìn)化樹中的名稱及添加分組名稱”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！