proteusTMT分析蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)時meta文件的格式是怎么樣的

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proteusTMT 分析蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)時，meta文件的格式設(shè)置非常重要

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，采用Maxquant 進行蛋白的鑒定和定量之后，可以采用R包“proteusTMT” 進行差異表達分析和統(tǒng)計分析。

其中比較關(guān)鍵的是如何在meta文件中設(shè)置樣本標記信息和分組信息。

meta文件，格式（采用tab 分割）如下：

measure	experiment	sample    condition	replicate
Reporter intensity 0	1	A-1	A	1
Reporter intensity 0    2       A-2     A       2
Reporter intensity 0    3       A-3     A       3
Reporter intensity 1	1	B-1	B    	1
Reporter intensity 1    2       B-2     B       2
Reporter intensity 1    3       B-3     B       3
Reporter intensity 2	1	C-1	C	1
Reporter intensity 2    2       C-2     C       2
Reporter intensity 2    3       C-3     C       3
Reporter intensity 3	1	D-1	D	1
Reporter intensity 3    2       D-2     D       2
Reporter intensity 3    3       D-3     D       3
Reporter intensity 4	1	Q-1	Q	1
Reporter intensity 4	2	Q-2	Q	2
Reporter intensity 4	3	Q-3	Q	3

measure：指定樣本的標記離子的順序

experiment：設(shè)置第幾批產(chǎn)生的數(shù)據(jù)

sample： 指定樣品編號

condition： 指定樣品分組

replicate： 指定生物學(xué)重復(fù)樣本的編號

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