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如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋

發(fā)布時間：2021-11-22 15:30:14 來源：億速云 閱讀：348 作者：柒染 欄目：大數(shù)據(jù)

如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋，針對這個問題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。

看到朋友圈有人轉(zhuǎn)發(fā)的推文 Nature|重大發(fā)現(xiàn)！人類的近親肺魚基因組被解析，點進(jìn)去看到里面有一張進(jìn)化樹的圖

如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋  
image.png

正好自己最近在學(xué)習(xí)R語言的ggtree，之前也在ggtree的幫助文檔看到過類似的圖片，所以決定重復(fù)一下


 首先是將右側(cè)的動物圖片截圖保存好

用拉丁名來命名，屬和種之間用下劃線分隔

如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋  
image.png
 接下來是模擬一個進(jìn)化樹文件
(((((((Anolis_carolinensis:0.4,Gallus_gallus:0.32)94:0.4,Homo_sapiens:0.3)95:0.4,(Ambystoma_mexicanum:0.4,Xenopus_laevis:0.41)93:0.6)90:0.41,Neoceratodus_forsteri:0.3)80:0.3,Latimeria_chalumnae:0.6)99:0.3,(Danio_rerio:0.3,Lepisosteus_oculatus:0.4)95:0.5)100:0.4,Callorhinchus_milii:0.3);
   

最基本的進(jìn)化樹展示

 加載用到的包
library(stringr)
library(ggtree)
library(treeio)
   讀入進(jìn)化樹
tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk")
   展示
ggtree(tree1)+
  geom_tiplab()+
  xlim(NA,4.5)
 
如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋  
image.png
 接下來簡單美化
  • 去掉拉丁名中的下劃線
  • 拉丁名改為斜體
  • 加粗線
ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)
 
如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋  
image.png
 最后就是添加圖片了
ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)+
  geom_tiplab(aes(image=paste0("Nature/",label,".png")),
              geom = "image",size=0.2,offset = 1.25)
 

出圖以后再手動編輯一下圖片的位置就可以了 最終的結(jié)果如下

如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋    

關(guān)于如何使用R語言的ggtree給進(jìn)化樹添加圖片注釋問題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識。

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