怎么利用iTOL在進(jìn)化樹中用顏色體現(xiàn)樣品分組信息

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方法一：標(biāo)簽顏色區(qū)分樣品分組

利用標(biāo)簽的顏色來區(qū)分樣品分組，不同顏色代表不同的分組。

要實(shí)現(xiàn)上方進(jìn)化樹圖中對每一個(gè)樣品或基因名稱設(shè)置不同字體顏色用以分組，需要準(zhǔn)備以下配置文件，其結(jié)構(gòu)如下：

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
155864    label   #6633ff bold    1.5
83334    label   #6633ff bold    1.5
217992    label   #6633ff bold    1.5
562    label   #6633ff bold    1.5
...
181661    label   #6633ff bold    1.5
180835    label   #6633ff bold    1.5
382    label   #6633ff bold    1.5
29461    label   #6633ff bold    1.5

前三行為固定格式，可不用修改，DATA后就是我們要添加的注釋信息了。這里總共分5列信息，每列之間使用Tab制表符分隔（由第二行"SEPARATOR TAB"所設(shè)置）：

第一列：進(jìn)化樹中物種、樣品或基因的名稱；

第二列：設(shè)置修改類型為label；

第三列：為每一樣品設(shè)置對應(yīng)顏色；

第四列：標(biāo)簽的字體，如bold表示使用粗體；

第五列：對標(biāo)簽字體的大小進(jìn)行修改（數(shù)值越大，字體越大）。

同一分組的我們給設(shè)成同一種顏色。這樣就很容易在進(jìn)化樹中區(qū)分不同分組了。

方法二：標(biāo)簽背景色區(qū)分樣品分組

同樣的，也可以利用標(biāo)簽的背景色區(qū)分樣品的分組，不同顏色代表不同的分組。

要實(shí)現(xiàn)上方進(jìn)化樹圖中對每一個(gè)樣品或基因名稱設(shè)置不同背景顏色用以分組，需要準(zhǔn)備以下配置文件，其結(jié)構(gòu)如下：

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
155864    range   #6633ff test1
83334    range   #6633ff test1
217992    range   #6633ff test1
...
181661    range   #6633ff test2
180835    range   #6633ff test2
382    range   #6633ff test2

文件格式與之前的配置文件類似，所不同的是這里只有四列：

第一列：進(jìn)化樹中物種、樣品或基因的名稱；

第二列：設(shè)置修改類型為range（分枝上添加一個(gè)color range，即整個(gè)分枝添加背景色，但默認(rèn)只顯示標(biāo)簽背景色）；

第三列：為每一樣品設(shè)置對應(yīng)的背景顏色；

第四列：設(shè)置color range 的標(biāo)簽，這里用處不大。

枝的顏色設(shè)置

此外，還可以對進(jìn)化樹的枝的顏色進(jìn)行設(shè)置，其 配置文件 如下：

I149    clade   #00ccff normal  2
I189    clade   #FF0000 normal  2

第一列：進(jìn)化樹中節(jié)點(diǎn)ID。iTOL在導(dǎo)入nwk文件時(shí)會(huì)為每個(gè)節(jié)點(diǎn)分配一個(gè)Node id，可以點(diǎn)擊進(jìn)化樹的節(jié)點(diǎn)查看

第二列：設(shè)置修改類型為clade；

第三列：設(shè)置枝的顏色；

第四列：設(shè)置線條類型，這里用的實(shí)線；

第五列：設(shè)置枝的粗細(xì)，數(shù)值越大，線條越粗。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“怎么利用iTOL在進(jìn)化樹中用顏色體現(xiàn)樣品分組信息”這篇文章對大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學(xué)習(xí)!