itol進化樹中怎么添加分組圓環(huán)

這篇文章主要介紹itol進化樹中怎么添加分組圓環(huán)，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

注釋文件準備

首先來看一下所需要的注釋文件的格式：

DATASET_COLORSTRIP
#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing

SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL color_strip2
STRIP_WIDTH 25
MARGIN 0
BORDER_WIDTH 1
BORDER_COLOR #000
SHOW_INTERNAL 0

DATA
160232    #efff22
13773    #efff22
56636    #efff22
111955    #efff22
2287    #efff22
50339    #efff22
2303    #efff22
2234    #efff22
64091    #efff22
2214    #efff22
2209    #117355
2261    #117355

格式說明：

注釋文件中以"#"開頭的行是注釋行，只起說明作用，iTOL不會讀取該行的內(nèi)容。

DATASET_COLORSTRIP：注釋文件數(shù)據(jù)類型聲明，這里聲明數(shù)據(jù)集是為進化樹外層添加彩色圓環(huán)。

SEPARATOR TAB：指定數(shù)據(jù)分隔符，即數(shù)據(jù)列與列之間使用Tab分隔。也可指定分隔符為空格，需將"TAB"改為"SPACE"。

DATASET_LABEL color_strip2：指定數(shù)據(jù)集標簽，標簽可任意。

STRIP_WIDTH 25：指定圓環(huán)的寬度。

MARGIN 0：指定圓環(huán)與進化樹之間的距離，可為負數(shù)，會導致與進化樹重疊。

BORDER_WIDTH 1：指定圓環(huán)邊框的寬度。

BORDER_COLOR #000：指定圓環(huán)邊框的顏色。

如果沒有特殊設(shè)置，以上部分通常不需要改，直接拷貝使用即可。

DATA 之后的行就是所有的分組數(shù)據(jù)信息。數(shù)據(jù)分為兩列，第一列為進化樹葉節(jié)點ID，第二列是葉節(jié)點關(guān)聯(lián)的顏色，每種顏色代表一個分組，不同分組的樣品對應相應的顏色。可以用十六進制（#開頭的顏色值），RGB表示法指定顏色。

注釋文件美化

按照以上格式準備好注釋文件，準備好文件后直接將其拖到iTOL進化樹展示所在的位置，就能自動給進化樹外層加上圓環(huán)了。之后也可以在Datasets中對圓環(huán)位置、寬度以及圓環(huán)邊框的粗細、顏色等進行微調(diào)。

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