R語言怎么分析群體遺傳進(jìn)化進(jìn)化樹

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群體遺傳進(jìn)化進(jìn)化樹分析方法：

cd $workdir  #回到工作目錄
mkdir 01.phylo_tree
cd 01.phylo_tree
#文件格式轉(zhuǎn)換
run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  \
    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter
#最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹
#方法1：fasttree 構(gòu)建進(jìn)化樹
fasttree -nt -gtr  supergene.phy   >  fasttree.nwk
#方法2：iqtree 構(gòu)建進(jìn)化樹  設(shè)置boots值，最大似然法
iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2  -mem 8G \
    -m  GTR  -redo \
    -B 1000 -bnni \
    --prefix iqtree 
    
#方法3：raxml 構(gòu)建進(jìn)化樹 最大似然法
#raxml-ng  -msa supergene.phy --model GTR  --prefix raxml_tree \
    #    --threads 2 --seed 123   1>raxml.log 2>raxml.err
## with bootstrap
#raxml-ng -all  -msa supergene.phy --model GTR --bs-trees 1000 \
    #    --prefix raxml_tree_bootstrap --threads 2 --seed 123   1>raxml_bs.log 2>raxml_bs.err
#方法4：phylip NJ法構(gòu)建進(jìn)化樹  Phylip 格式對樣品ID字符要求不超過10個，不然會截斷
cp supergene.phy infile
echo -e "Y\n" |dnadist
cp infile.dist infile
echo -e "Y\n"  |neighbor
mv outtree outtree.nwk

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