怎么使用R語(yǔ)言ggtree展示進(jìn)化樹(shù)

今天要模仿的圖片來(lái)自于論文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

 

今天重復(fù)的圖片是Figure1中的聚類樹(shù)圖

 

Hierarchical clustering dendrogram with jackknife support (numbers on the branches; only values above 50 are shown in the tree).

所以論文中實(shí)際的數(shù)據(jù)做的是聚類分析，而并不是進(jìn)化樹(shù)。他這里做聚類分析也能夠獲得每個(gè)節(jié)點(diǎn)對(duì)應(yīng)的支持率。這個(gè)如何實(shí)現(xiàn)我暫時(shí)還不知道。為了模仿這個(gè)圖，下面的輸入數(shù)據(jù)我直接使用進(jìn)化樹(shù)文件了，因?yàn)闃?gòu)建進(jìn)化樹(shù)的時(shí)候能夠很方便的獲得節(jié)點(diǎn)的支持率信息。

這里用到的數(shù)據(jù)集來(lái)自 網(wǎng)址 https://www.kuleuven.be/aidslab/phylogenybook/Data_sets.html

 

這本 The Phylogenetic Handbook second edition 不知道大家有沒(méi)有電子版可以分享呀！

mafft --auto ggtree_practice.fasta > ggtree_practice_aligned.fasta

iqtree -s ggtree_practice_aligned.fasta -bb 1000

得到樹(shù)文件ggtree_practice_aligned.fasta.treefile

接下來(lái)是在R語(yǔ)言里的操作

數(shù)據(jù)總共三列

• 第一列是 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)用到的fasta文件的序列名，這里注意列明用label，不要用其他
• 第二列是分組信息，用來(lái)填充不同的顏色
• 第三列也是分組信息，用來(lái)映射形狀

第二列和第三列的列名就是圖例上想顯示什么就用什么

 

library(ggtree)
library(treeio)
library(tidytree)

• treeio用來(lái)讀入進(jìn)化樹(shù)
• tidytree用來(lái)將分組信息整合給進(jìn)化樹(shù)
• ggtree用來(lái)可視化展示進(jìn)化樹(shù)

tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",
                  node.label = "support")
d<-read.csv("ggtree_group_info.csv",header=T)
d

trs<-full_join(tree,d,by='label')

tree@data$support<-ifelse(tree@data$support<50,NA,tree@data$support)

ggtree(trs,layout = "circular",branch.length = "none")+
  #geom_tiplab(offset = 0.01)+
  geom_tippoint(aes(shape=Diet,color=Gut.compartment),
                size=5)+
  scale_shape_manual(values = c(16,17,18,15))+
  geom_text2(aes(label=support,angle=angle),hjust=-0.2)+
  scale_color_manual(values = c("#800080","#ff8000","#008080"),
                     name="Gut_compartment")+
  guides(color=guide_legend(order = 1))

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)怎么使用R語(yǔ)言ggtree展示進(jìn)化樹(shù)有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。