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R語言中g(shù)gtree怎么從進(jìn)化樹中挑選子集

發(fā)布時(shí)間：2021-11-19 09:11:12 來源：億速云 閱讀：362 作者：iii 欄目：大數(shù)據(jù)

本篇內(nèi)容介紹了“R語言中g(shù)gtree怎么從進(jìn)化樹中挑選子集”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

 需求描述

已經(jīng)有了100個(gè)物種進(jìn)化樹文件，我想從這個(gè)樹文件里挑選出10個(gè)我感興趣的物種的進(jìn)化關(guān)系。

treeio這個(gè)R語言包里有一個(gè)函數(shù)drop.tip()可以實(shí)現(xiàn)，但是他不是直接挑選出來感興趣的，而是去掉不感興趣的。


 簡(jiǎn)單例子

樹文件使用treeio包里帶的示例文件sample.nwk

nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
library(ggtree)
tree<-read.tree(nwk)
ggtree(tree)+
  geom_text2(aes(subset=!isTip,label=node))+
  geom_tiplab()
 
R語言中g(shù)gtree怎么從進(jìn)化樹中挑選子集  

如果我只想看看A/B/C/D/E這些物種之間的關(guān)系，就可以去掉非ABCDE這些tips。使用到的是drop.tip()函數(shù)。

兩個(gè)參數(shù)：第一個(gè)讀進(jìn)來的數(shù)；第二個(gè)參數(shù)是想要去掉的tips。

reserve_tip<-c("A","B","C","D","E")
to_drop<-tree$tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)]
to_drop
tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop)
ggtree(tree_reduced)+
  geom_tiplab()
 
R語言中g(shù)gtree怎么從進(jìn)化樹中挑選子集  

 將結(jié)果保存到樹文件中
treeio::write.nexus(tree_reduced,file="../../tree_reduced.nex")

“R語言中g(shù)gtree怎么從進(jìn)化樹中挑選子集”的內(nèi)容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識(shí)可以關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編將為大家輸出更多高質(zhì)量的實(shí)用文章！

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