如何使用evolview美化進化樹

這篇文章主要介紹了如何使用evolview美化進化樹的相關(guān)知識，內(nèi)容詳細易懂，操作簡單快捷，具有一定借鑒價值，相信大家閱讀完這篇如何使用evolview美化進化樹文章都會有所收獲，下面我們一起來看看吧。

1.evolview地址及使用

進化樹美化，要求使用以下瀏覽器打開，不支持IE瀏覽器和360瀏覽器

2 進化樹美化

2.1 進化樹分支添加顏色

然后在配置文件里面輸入，需要添加顏色的分組信息，如下：

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue ad
AT4G01250.1,AT4G31550.1 red ad
AT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列為，從一個基因到另一個基因之間，表示范圍；第二列，為設(shè)置顏色，最后一列 ad表示為所有枝設(shè)置顏色；列和列之間注意用tab分隔開；

2.2 進化樹設(shè)置分支label的顏色等

這是設(shè)置的配置文件內(nèi)容如下 ，與分支顏色設(shè)置相似，也支持單獨基因設(shè)置顏色（最后一行）；點擊紅色箭頭處，然后將以下內(nèi)容粘貼上去：官方配置說明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red ad
AT2G30250.1,AT2G04880.1 blue ad
AT1G80840.1 yellow

2.3 進化樹設(shè)置分支label的背景顏色設(shè)置

可點擊上圖圖紅框框處查看官方詳細配置說明；配置文件如下：官方說明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red ad
AT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad

2.4 進化樹添加星號標簽

設(shè)置參數(shù)如下，第一列為基因的ID,后面為設(shè)置形狀以及顏色，上圖圖紅框框處查看官方詳細配置說明。詳細說明見官方文檔。

AT4G01250.1 triangle,red:red
AT3G58710.1 triangle,red:red
AT1G29280.1 triangle,red:red
AT2G34830.1 triangle,red:red
AT1G30650.1 triangle,red:red
AT5G52830.1 triangle,red:red
AT4G23550.1 triangle,red:red
AT2G21900.1 triangle,red:red
AT5G45050.1 triangle,red:red
AT2G30590.1 triangle,red:red
AT2G24570.1 triangle,red:red
AT3G04670.1 triangle,red:red
AT2G23320.1 triangle,red:red
AT5G28650.1 triangle,red:red
AT4G24240.1 triangle,red:red
AT4G31550.1 triangle,red:red
AT2G04880.1 star,blue:blue
AT5G56270.1 star,blue:blue
AT4G26440.1 star,blue:blue
AT3G01080.1 star,blue:blue
AT4G12020.1 star,blue:blue
AT2G03340.1 star,blue:blue
AT4G26640.1 star,blue:blue
AT1G13960.1 star,blue:blue
AT2G37260.1 star,blue:blue
AT2G38470.1 star,blue:blue
AT5G07100.1 star,blue:blue
AT2G30250.1 star,blue:blue

2.5 進化樹分組圓環(huán)

添加分組圓環(huán)，設(shè)置按鈕如下：

設(shè)置文件說明，官方詳細說明：DatasetGroupLabel.md：

!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2
AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4
AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashed
AT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

說明如下，帶！號的行為全局變量，也就是默認設(shè)置參數(shù)；其他第一列用，號隔開表示范圍，空格之后為各種group分組圓環(huán)的顯示方式：text為分組名稱，fontcolor為字體顏色，linewidth圓環(huán)粗細，textorientation控制分組名稱對齊樣式。

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