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plink 軟件core dumped報錯怎么辦

發(fā)布時間:2022-01-20 13:59:30 來源:億速云 閱讀:181 作者:柒染 欄目:開發(fā)技術(shù)

本篇文章為大家展示了plink 軟件core dumped報錯怎么辦,內(nèi)容簡明扼要并且容易理解,絕對能使你眼前一亮,通過這篇文章的詳細(xì)介紹希望你能有所收獲。

在使用plink1.9版本時遇到core dumped報錯,運行命令如下:

/share/work/biosoft/plink/plink_v1.9/plink --vcf  /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz --make-bed --extract ld.prune.in --out LDfiltered --recode vcf-iid  --keep-allele-order  --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#

報錯信息如下:

PLINK v1.90b3.32 64-bit (24 Feb 2016)      https://www.cog-genomics.org/plink2
(C) 2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to LDfiltered.log.
Options in effect:
  --allow-extra-chr
  --extract ld.prune.in
  --keep-allele-order
  --make-bed
  --out LDfiltered
  --recode vcf-iid
  --set-missing-var-ids @:#
  --vcf /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz
128701 MB RAM detected; reserving 64350 MB for main workspace.
--vcf: LDfiltered-temporary.bed + LDfiltered-temporary.bim +
LDfiltered-temporary.fam written.
9696 variants loaded from .bim file.
9696 missing IDs set.
114 people (0 males, 0 females, 114 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to LDfiltered.nosex .
--extract: 435 variants remaining.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked.
Before main variant filters, 114 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.952531.
435 variants and 114 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
--make-bed to LDfiltered.bed + LDfiltered.bim + LDfiltered.fam ... done.
--recode vcf-iid to LDfiltered.vcf ... done.
Segmentation fault (core dumped)

嘗試各種方法后使用2.0版本plink后沒有再遇到該報錯。

上述內(nèi)容就是plink 軟件core dumped報錯怎么辦,你們學(xué)到知識或技能了嗎?如果還想學(xué)到更多技能或者豐富自己的知識儲備,歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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