ONGene數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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OnGene是一個(gè)腫瘤基因的數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)文獻(xiàn)檢索的方式獲得了803個(gè)腫瘤基因

數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html

數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的pipeline如下圖所示

首先在pubmed中用以下幾個(gè)關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索

1. oncogene

2. oncogenic

3. oncoprotein

4. proto-oncogene

   
   

得到候選的17033篇文獻(xiàn)，然后從long non-coding RNA和oncogene兩個(gè)關(guān)鍵詞檢索，得到435篇文獻(xiàn)。另外又從oncomirdb和miRCancer數(shù)據(jù)庫(kù)中得到腫瘤相關(guān)的miRNA。

對(duì)以上得到的文獻(xiàn)進(jìn)行人工核對(duì)，最終篩選得到了803個(gè)有文獻(xiàn)支持的腫瘤基因，并對(duì)這些基因進(jìn)行了以下幾種數(shù)據(jù)分析

1. 功能注釋?zhuān)峁┝嘶蛎Q(chēng)，參與的通路，相關(guān)疾病等注釋信息

2. 差異分析，利用TCGA中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，進(jìn)行腫瘤和正常樣本的差異分析

3. 與lncRNA的共表達(dá)分析，利用MiTranscriptome數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，分析腫瘤基因與lncRNA之間的共表達(dá)

4. 突變信息注釋?zhuān)肨CGA中的mutation信息進(jìn)行注釋

   
   

通過(guò)首頁(yè)的browser菜單，可以瀏覽腫瘤基因的相關(guān)信息，以蛋白編碼基因MYC為例，包含以下幾個(gè)部分的結(jié)果

1.  Gene information

包含了基因名稱(chēng)，染色體位置，對(duì)應(yīng)的pathway與疾病，序列等信息，示意如下

2. Literature

展示了該基因相關(guān)的文獻(xiàn)和摘要信息，示意如下

3. Expression

展示該基因在樣本中的表達(dá)量信息，示意如下

4. lncRNA

展示與該基因存在共表達(dá)的lncRNA信息，示意如下

5. Mutation

展示該基因上存在的mutation信息，示意如下

6. Homolog

展示其他物種中該基因的同源基因信息，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是可以免費(fèi)下載的，鏈接如下

http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html

對(duì)于腫瘤研究而言，該數(shù)據(jù)庫(kù)非常值得參考，可以幫助我們快速的篩選候選的腫瘤基因。

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