TRRUST數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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TRRUST數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)記錄轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)，不僅包含轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因，也包含了轉(zhuǎn)錄因子間的調(diào)控關(guān)系。目前該數(shù)據(jù)庫(kù)只存儲(chǔ)了人和小鼠相關(guān)的調(diào)控信息，而且這些調(diào)控關(guān)系是通過(guò)文本挖掘的方法從文獻(xiàn)中整理得到的。

該數(shù)據(jù)庫(kù)最新版本為v2,網(wǎng)址如下

http://www.grnpedia.org/trrust/

對(duì)于human而言，包含了800種轉(zhuǎn)錄因子，8444個(gè)調(diào)控關(guān)系對(duì)；對(duì)于mouse而言，包含了828種轉(zhuǎn)錄因子，6552個(gè)調(diào)控關(guān)系對(duì)。

官網(wǎng)提供了人和小鼠的轉(zhuǎn)錄因子的列表，以human為例，轉(zhuǎn)錄因子列表的鏈接如下

http://www.grnpedia.org/trrust/data/search_list.human.htm

給出了每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的gene  symbol, Entrez ID等信息，可以用于檢索。

通過(guò)官網(wǎng)的查詢(xún)功能，不僅可以查詢(xún)到轉(zhuǎn)錄因子的靶基因targets, 也可以查詢(xún)到調(diào)控該轉(zhuǎn)錄因子的其他轉(zhuǎn)錄因子，即regulators, 示意圖如下

在檢索框種輸入對(duì)應(yīng)的gene  symbol, 就可以了。如果輸入的基因?yàn)橐粋€(gè)轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的基因，會(huì)同時(shí)輸出該轉(zhuǎn)錄因子的靶基因和調(diào)控該轉(zhuǎn)錄因子的其他轉(zhuǎn)錄因子，也會(huì)輸出該基因相關(guān)的GO, KEGG等功能注釋?zhuān)蝗绻斎氲幕虿皇且粋€(gè)轉(zhuǎn)錄因子，則只會(huì)輸出調(diào)控該基因的轉(zhuǎn)錄因子。

以轉(zhuǎn)錄因子AHR為例，檢索結(jié)果包含以下幾個(gè)部分

1. 轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)的靶基因

2.  調(diào)控該轉(zhuǎn)錄因子的其他轉(zhuǎn)錄因子

3. 和AHR具有相同靶基因的其他轉(zhuǎn)錄因子

4. 和輸入的基因相關(guān)的功能或者疾病注釋

包含Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG pathway三種注釋信息。

除了查詢(xún)功能，該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了一種尋找關(guān)鍵的TF的功能，示意如下

輸入一系列的基因，比如差異分析得到的差異基因，通過(guò)費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)，分析在哪個(gè)轉(zhuǎn)錄因子中富集，結(jié)果示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)可以免費(fèi)下載，而且提供了tsv格式，方便直觀，示意圖如下

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