VISTA數(shù)據(jù)庫有什么用

發(fā)布時間：2022-01-17 10:08:28 來源：億速云閱讀：187 作者：小新欄目：大數(shù)據(jù)

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VISTA結合比較基因組學，chip_seq等數(shù)據(jù)分析手段和實驗方法，來識別人和小鼠中的增強子，該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://enhancer.lbl.gov/

在最初的研究中發(fā)現(xiàn)，在人和小鼠等物種中，在物種間保守的序列中有一半的區(qū)域都包含增強子序列，所以通過比較基因組學的手段識別物種間保守的基因組序列，對于增強子分析有一定的參考意義；同時采用EP300蛋白的chip_seq結果，也可以識別到很多的增強子區(qū)域。

通過結合以上兩種生物信息學分析手段，首先識別到候選的增強子序列，然后通過轉基因小鼠試驗，通過實驗手段驗證增強子的增強活性。

利用首頁的檢索功能，可以查看該數(shù)據(jù)庫中的記錄，示意如下

VISTA數(shù)據(jù)庫有什么用

可以通過染色體區(qū)間進行檢索，也可以通過基因名稱等其他方式，檢索結果示意如下

VISTA數(shù)據(jù)庫有什么用

給出了增強子在數(shù)據(jù)庫中的編號，在基因組上的位置，包含的基因等信息，右側的小鼠圖標表示增強子體外實驗的信息，藍色代表通過實驗手段證實了該增強子的增強活性，而白色代表體外實驗沒有發(fā)現(xiàn)該增強子的增強活性，點擊第一列的編號可以查看詳細信息。

同時考慮到增強子的組織特異性，通過組織切片技術研究在不同組織中增強子的表達情況，提供了以下組織的相關信息

通過Advance Search, 可以根據(jù)增強子在不同組織中的表達信息進行篩選，示意如下

VISTA數(shù)據(jù)庫有什么用

通過VISTA數(shù)據(jù)庫，可以方便的檢索人和小鼠的增強子信息。

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